Будучи ещё ребёнком, Анна была несколько раз обручена: сначала с Теодором Баварским, сыном герцога
Вильгельма IV
, затем с
Карлом Орлеанским
, сыном французского короля
Франциска I
, но обе помолвки не привели к свадьбе из-за преждевременной смерти женихов.
В итоге, семнадцатилетняя Анна вышла замуж 4 июля 1546 года за брата своего первого жениха, будущего баварского герцога
Альбрехта
. Этот брак был частью стратегии дяди невесты императора
Карла V
, который хотел заручиться поддержкой
Альбрехта V
перед тем как развязать
Шмалькальденскую войну
. Свадебным подарком императора были 50 000 гульденов. До 7 марта 1550 года, когда Альбрехт стал герцогом, пара жила в
замке Траусниц
.
Анна и Альбрехт оказывали сильное влияние на духовную жизнь герцогства. Открыв несколько музеев и основав
Баварскую государственную библиотеку
, они заслужили для
Мюнхена
репутацию города посвящения и искусств. Кроме этого Анна и Альберхт также оказывали поддержку художнику
Гансу Милиху
и композитору
Орландо ди Лассо
. Самой известной работой Милиха для герцогини стала
«Книга сокровищ герцогини Анны Баварской»
(«Kleinodienbuch der Herzogin Anna von Bayern», BSB-Hss Cod.icon. 429) — манускрипт, выполненный в 1555 году и представляющий собой опись драгоценностей, которые ей принадлежали. Одна из миниатюр описи изображает выигранную Анной у мужа партию в шахматы.