Фернанду Сантуш начал свою футбольную карьеру в 1966 году в юношеском составе португальского клуба «
Бенфика
», до 1971 года выступал в основной команде клуба, пока не перешёл в «
Маритиму
». За последний играл два сезона и до 1975 года оставался игроком «
Эшторил-Прая
».
Свою карьеру игрока Сантуш завершил в возрасте 30 лет. Получил степень бакалавра технического инженера телекоммуникаций и электроники в Лиссабонском институте. В 1987 начал тренерскую деятельность в «Эшторил-Прая». Впоследствии тренировал отечественные «
Порту
», «Бенфику» и «
Спортинг
», а также настоящих грандов греческого футбола
АЕК
, «
Панатинаикос
» и
ПАОК
. В феврале 2010 года Фернанду Сантуш был назван тренером десятилетия в Греции
.
В июне 2010 года, когда после поражения от
сборной Аргентины
Греция
прекратила участие в
чемпионате мира по футболу в ЮАР
,
Отто Рехагель
ушёл в отставку с поста главного тренера сборной Греции
, вероятным преемником обозреватели сразу назвали Фернанду Сантуша
. Однако на первое предложение
Греческой футбольной федерации
Сантуш ответил отказом. После чего совет федерации повысил плату тренера до 600 тысяч евро в год
. 28 июня 2010 года после встречи с Софоклисом Пилавосом в
Афинах
была достигнута договоренность
. 1 июля 2010 Фернанду Сантуш был официально назначен тренером национальной сборной минимум на следующие два года
. Руководил греками на
Евро-2012
и
ЧМ-2014
, на обоих турнирах выходя в плей-офф.
19 июля 2016 года Сантуш поставил подпись под новым контрактом с
Португальской федерацией футбола
, который был рассчитан до 2020 года. 27 декабря 2016 года Сантуш был признан лучшим тренером года среди главных тренеров национальных команд по версии
МФФИИС
.
15 декабря 2022 года Сантуш покинул пост главного тренера сборной Португалии
.
23 января 2023 года президент
Польского футбольного союза
Цезарь Кулеша сообщил о назначении Сантуша главным тренером
сборной Польши
. 13 сентября 2023 года Фернанду Сантуш был уволен с поста главного тренера сборной Польши
.
7 января 2024 года назначен главным тренером турецкого «
Бешикташа
»
.