В 1998 году Бонамиго стал тренером в команде «
Мадурейра
», а затем в «
Жоинвиле
», где он проработал три года. В 2000 году следующим клубом Пауло стал «
Сампайо Корреа
», затем «
Ремо
» и «
Можи-Мирин
». По прошествии двух лет в «
Паране
», отправился в «
Коритибу
» и проработал год. Через год вернулся к тренерской деятельности и возглавил «
Атлетико Минейро
», но уже в середине сезона стал главой «
Ботафого
». Через год ушёл в «
Палмейрас
», где он оставался до конца чемпионата 2005 года
.