Воспитанник рейкьявикского «
Фрама
». За свою родную команду он провёл всего шесть встреч в высшем исландском дивизионе и дебютировал 30 августа 2009 года в матче против клуба «
Рейкьявик
»
. В 2011 году он перешёл в «
Ювентус
», но так и не дебютировал в его составе. В 2013 году Хёрдур стал игроком «
Специи
», где использовался в ротации состава
. Летом 2014 года «Ювентус» выкупил игрока, сумма трансфера составила 1,0 млн евро, и отправил его в двухгодичную аренду в «
Чезену
»
. В июле 2016 года футболист обосновался в Англии, в Чемпионшипе. «
Бристоль Сити
» заплатил за него «Ювентусу» 2,1 млн евро
.
20 июня 2018 года стало известно о переходе защитника в
московский ЦСКА
. По данным
Transfermarkt
сумма трансфера составила 2,8 млн евро
. 23 ноября забил свой первый гол за армейцев в рамках РПЛ — в ворота «
Ахмата
». 4 апреля 2021 года в матче РПЛ против «
Тамбова
» получил разрыв
ахиллового сухожилия
. Первый матч после травмы провёл в победном матче против «
Рубина
» (6:1)
.
20 мая 2022 года московский ЦСКА объявил о том что клуб не будет продлевать контракт с исландским защитником и он покинет клуб
свободным агентом
. 21 мая Магнуссон провёл прощальный матч за армейский клуб, сыграв полную против «
Ростова
» (4:0)
.
9 июля 2022 года стал игроком греческого «
Панатинаикоса
»
, перед этим проведя переговоры о подписании нового контракта с ЦСКА
.
В сборной
Представлял Исландию на юношеском и молодёжном уровнях. Во взрослой
сборной Исландии
он дебютировал 12 ноября 2014 года в матче против сборной
Бельгии
.
Попал в заявку сборной на
Евро-2016
. 28 марта 2017 года, в товарищеском матче против
сборной Ирландии
, забил свой первый гол за национальную команду
.