Список номеров:

• 1. …И дверь откроется — часть 1
• 2. …И дверь откроется — часть 2
• 3. …И дверь откроется — часть 3
• 4. …И дверь откроется — часть 4
• 5. …И дверь откроется — часть 5

По заданию Ордена Книгочеев, задачей которого является охрана границ между реальным миром и миром художественных произведений, двое его магов — обычный человек Александр Алиновский вместе с оживлённым художественным персонажем Артуром по прозвищу Соловей — преследуют сбежавших из книги Красную Шапочку и Волка в попытке вернуть их обратно. На пути Красной Шапочке попадается шедшая на подготовительные занятия в институт девушка Лилия Романова , которая оказывается заражена чернилами (кровью) литературного персонажа и невольно оказывается в гуще событий. Подоспевшие Александр и Артур спасают Лилю от Волка, успевшего съесть Красную Шапочку и её бабушку, также попавшую в реальность. Вместе им удаётся остановить буйного литературного персонажа и вернуть беглецов обратно в книгу .

Список номеров:

• 6. Костяной дом — часть 1
• 7. Костяной дом — часть 2
• 8. Костяной дом — часть 3
• 9. Люди библиотеки — часть 1
• 10. Люди библиотеки — часть 2

Лиле приходится пройти процесс «закрытия» — ритуал, предназначенный для выведения попавших внутрь человека чернил, из-за которых к нему начинают притягиваться книги, подчинить силу чернил себе и узнать их цвет, т.е. тип способностей. Во время ритуала героиня попадает в иную реальность, где перед ней предстаёт дом из костей. Вдруг на Лилю начинает нападать собственная тень. Не без проблем ей удаётся прийти в сознание и вывести из себя чернила, после чего Ангелина Евгеньевна, возглавляющая Московскую библиотеку (штаб Ордена), предлагает Лиле обучаться в Ордене книгочеев, и девушка соглашается.

Список номеров:

• 11. Благими намерениями — часть 1
• 12. Благими намерениями — часть 2
• 13. Благими намерениями — часть 3
• 14. Благими намерениями — часть 4
• 15. Меж трёх огней — часть 1
• 16. Меж трёх огней — часть 2
• 17. Меж трёх огней — часть 3

Лиля впервые участвует в задании по поимке сбежавших из книг персонажей, узнаёт тонкости работы Ордена, а также то, что библиотени — с виду безобидные помощники книгочеев — ранее были людьми, заражёнными чернилами, которым не удалось пройти обряд инициации в Костяном доме. Позже ученики Ордена книгочеев помогают членам Магического чрезвычайного комитета выследить Булата Гаджиева, неизвестного в капюшоне, использовавшего «Молот ведьм», древний и могущественный фолиант, при нападении на штаб дружественной организации. Книгочеям удаётся одолеть дух Генрикуса Инститора, который заточён в книге, и вытащить из неё камень Силы.

Список номеров:

• 18. Не сахар
• 19. Суд
• 20. Соль на рану — часть 1
• 21. Соль на рану — часть 2
• 22. Соль на рану — часть 3
• 23. Жить дальше

Книгочеи собираются на суд над сбежавшими ранее персонажами. Хотя удаётся выведать нужную им информацию, из-за долгого пребывания вне книги мутирует один из персонажей, и Якову, члену Круга, приходится убить мутанта. Жестокое убийство оставляет отпечаток на душе у Лили, и чтобы успокоить девушку и объясниться, Александр решает рассказать печальную историю, приключившуюся с ним полгода назад. В канун Нового Года наткнулся он на необычного персонажа — девушку-воительницу Агату. Она часто выходила из своей книги, осознавая, что является её персонажем, прогуляться по иному для себя миру. Поначалу Саша предостерегал Агату, объясняя необходимость возвращения и последующего запечатывания книги, вследствие чего все её воспоминания о внешнем мире должны были исчезнуть. Девушка соглашалась, однако проникнувшийся уважением и сочувствием к персонажу, которому раз за разом приходится проживать момент своей смерти в книге, Саша попытался помочь ей остаться в реальном мире. Ситуация вышла из-под контроля: героиня стала мутировать, а попытка вернуть её в книгу обернулась провалом — из романа начали вылезать остальные герои, также мутировавшие. В конечном итоге вторжение удалось остановить, однако тогда погиб друг Саши и многие другие книгочеи.

Список номеров:

• 24. Моно
• 25. Вот дом, который… — часть 1
• 26. Вот дом, который… — часть 2
• 27. С новым счастьем
• 28. Невинная история — часть 1
• 29. Невинная история — часть 2

В томе повествуется история Киры, мага монохрома и обладателя чёрных чернил; Никиты, книгочея с красными чернилами; Лизы, обычного человека; её дяди, Николая; другой версии книжного персонажа Агаты; и книгочея Владимира, убившего брата Киры, Кая. История начинается с того, что Никита и Лиза успешно находят и захватывают Владимира, после чего доставляют в дом к Николаю и Кире, и запирают его там. Как выясняется, Владимир отслеживал и убивал магов монохрома; одной из его жертв стал брат Киры, Кай. В плену Владимира допрашивают, чтобы узнать, куда он подевал принадлежащий Каю белый цвет, один из тонов монохрома. Кира придумывает план выведать правду: она пишет рассказ, который позволит ей заглянуть в воспоминания Владимира. Они попадают внутрь рассказа, и пока Кира путешествует по воспоминаниям Владимира, персонажи рассказа медленно начинают мутировать. Узнав необходимую информацию, Кира и её сотоварищи поспешно ретируются из мутировавшего рассказа. Оказывается, Владимир мог передать цвет Кая юной Лиле Романовой, так как раньше он был её наставником.

Тем временем Лиля находит непонятно как возникший особняк у станции метро «Сокол» , который, как выясняется, вышел из фанфика по игре The Sims , а в самой книге оказалась заперта её автор после попытки переписать судьбу героев произведения. После вызволения автора Соловей кусает её, заразив чернилами.

Список номеров:

• 30. Бумажный порез — часть 1
• 31. Бумажный порез — часть 2
• 32. Морок — часть 1
• 33. Морок — часть 2
• 34. Морок — часть 3

В Библиотеке появляется новый преподаватель, Юрий Аркадьевич, который учит студентов новой технологии — использовать силу своих чернил с помощью бумаги в качестве проводника. Для этого он говорит студентам изготовить собственные записные книжки, из которых необходимо брать бумагу для заклинаний. После этого преподаватель устраивает экзамен в виде спарринга между студентами, где нужно использовать бумагу, а Лилии попадается Инга в качестве противника. Несмотря на сомнения, Лилии удаётся придумать способ использования бумаги в бою.

Вскоре Юрий Аркадьевич посылает студентов в книгу Говарда Лавкрафта для выполнения практики. Управляющим гостиницы в книге оказывается маг-книгочей, который проводит эксперимент — как сильно можно вмешиваться в сюжет книги, чтобы она не сошла с ума. В итоге ребятам удаётся вытащить из книги мага и спастись самим.

Список номеров:

• 35. Хозяйка дорог — часть 1
• 36. Хозяйка дорог — часть 2
• 37. Хозяйка дорог — часть 3
• 38. Сказочке конец — часть 1
• 39. Сказочке конец — часть 2
• 40. Сказочке конец — часть 3

Лилия и её товарищи попадают в книгу « Приключения Тома Сойера », но не могут из неё выбраться — за ними охотится индеец Джо, которого подослала некая «Хозяйка дорог». Хозяйка дорог — персонаж, кочующий из книги в книгу, однажды решила обзавестись спутником в лице Джо, и для этого убила Тома Сойера. Чтобы заменить Тома в сюжете книги, и книга не сошла с ума, она решила взять Матвея в плен и заточить его в книге, но героям удаётся её остановить.

Пока Лилия и её друзья отдыхают в лазарете, Рита и Женя отправляются в «Сказки об Иванушке-дурачке» и встречают в ней Никиту и Лизу, приспешников Киры, явно подстроивших безумие книги. Обезумевший Иванушка убивает убивает Никиту и Риту.

Список номеров:

• 41. Переворот — часть 1
• 42. Переворот — часть 2
• 43. Возвращение — часть 1
• 44. Возвращение — часть 2
• 45. Возвращение — часть 3

Кира привлекает внимание книгочеев, и те её арестовывают вместе с сопровождавшим её Владимиром, но она выпускает Агату прямо в Библиотеке, где её собрались судить. Кира с Агатой захватывает Круг Книгочеев и, испортив книгу Соловья и заставив его мутируют, толкают Ангелину Евгеньевну на то, чтобы сдать им Лилию. Лилия, столкнувшись с Кирой, сражается с ней и пробуждает в себе силу белого монохрома, что даже меняет ей внешность и добавляет ей белые пряди волос. Кира устраивает свой суд над книгочеями Ордена.

Список номеров:

• 46. Светлая полоса — часть 1
• 47. Светлая полоса — часть 2
• 48. Светлая полоса — часть 3
• 49. Светлая полоса — часть 4
• 50. Светлая полоса — часть 5

Оказывается, утверждённый Орден книгочеев восполняют люди Костяного дома, который является ничем иным, как обществом Древних магов — самых первых книгочеев. Для поддержания могущества им требовалась энергия чернил, находящаяся в заражённых людях; тогда как Кира и Кай, которых использовали книгочеи для достижения цели, оказывали определённое воздействие на человека, чтобы получился желаемый цвет. Охотившийся за Кирой Владимир, передавший цвет Кая Лиле, заключил союз с Ангелиной Евгеньевной. Она подстроила попадание Лили в Орден книгочеев, чтобы иметь около себя держателя белых чернил, а когда будут найдены чёрные чернила, Владимир и Ангелина использовали бы силу монохрома, чтобы вырваться из-под контроля Круга. Закончив рассказ, Кира просит Лилю помочь уничтожить Костяной дом, чтобы высвободиться от его влияния, после чего все лишаться чернил и, соответственно, суперспособностей. Лиля соглашается и передаёт Кире свои белые чернила. Успешно совершив затеянное, Кира подвергается нападению Агаты. Агата убивает Киру и забирает её чернила вместе со способностями. Так как все герои с цветными чернилами потеряли свои способности, единственным кто сохранил суперсилы стала Агата. Она предстаёт перед бывшими книгочеями и объявляет, что будет мстить людям за все невзгоды, которые пришлось терпеть литературным персонажам

Список номеров:

• Жизнь вторая
• 1. Безвозвратно — часть 1
• 2. Безвозвратно — часть 2
• 3. Безвозвратно — часть 3
• 4. Безвозвратно — часть 4

После атаки Киры на Орден книгочеев и предательства со стороны Агаты последняя приобретает невероятные способности, позволяющие ей переписывать реальность по собственному желанию. Лилия Романова, её друзья и частично разрушенный Орден книгочеев пытаются найти Агату, прежде чем она воспользуется своей властью. Однако сама Агата не спешит менять реальность — вместо этого она пленит авторов своей книги: молодую писательницу Елену и её заказчика Аполлона. Она запечатывает их в свою книгу, чтобы те на собственном опыте прочувствовали все страдания, через которые пришлось пройти ей самой.

Агата работает не в одиночку: к ней присоединяется бывшая глава Настоящей Московской Библиотеки Ангелина Евгеньевна, пытающаяся воскресить своего персонажа Соловья, погибшего во время атаки на Орден. У неё получается, но, несмотря на все старания, Соловей теряет большую часть воспоминаний о своей прошлой жизни. Книгочеям удаётся узнать об этом, а также найти их логово — постоянно перемещающегося Дракона в форме автобуса.

Список номеров:

• 5. Купель дракона — часть 1
• 6. Купель дракона — часть 2
• 7. Купель дракона — часть 3
• 8. Замкнутый

Пока книгочеи готовят нападение с целью освободить похищенных авторов, сами Елена и Аполлон пытаются выжить в недружелюбных условиях книги. На них нападает стая волков-оборотней, и от неминуемой гибели их спасает незнакомец, вооружённый косой. Незнакомцем оказывается Кира, лишённая силы монохрома. Она воскрешена Агатой и заточена в её книге. Без своей силы Кира быстро взрослеет из девочки-подростка в молодую женщину. Все трое помогают друг другу, и в итоге им удаётся сбежать из заточения.

Список номеров:

• 9. Щепки — часть 1
• 10. Щепки — часть 2
• 11. Щепки — часть 3
• 12. Щепки — часть 4

Раскрывается прошлое Лизы, ставшей одной из книгочеев Библиотеки: она жила в обычной московской семье, а её мать пропала во время инцидента в институте, где она преподавала. Её отец Николай, отчаявшись, провёл расследование и узнал о книгочеях, начав подозревать студентов и преподавателей в колдовстве. Отчаявшись, что её отец не придёт в норму, Лиза со скандалом сбегает из дома и встречает своего одноклассника Никиту, который много лет назад признался ей в чувствах, но исчез, и он знает, куда исчезла её мать. Он говорит, что она была книгочеем и погибла в бою с персонажем — Агатой. Лиза и её отец собираются отомстить Агате, попав в её книгу, но Агата оказывается не тем самым сбежавшим персонажем. Покинув книгу, они находят Киру.

Список номеров:

• 13. Точка сборки — часть 1
• 14. Точка сборки — часть 2
• 15. Праздник жизни — часть 1
• 16. Праздник жизни — часть 2
• 17. Праздник жизни — часть 3
• 18. Праздник жизни — часть 4

Лилия обнаруживает местоположение логово дракона-автобуса Агаты, и герои решают отвлечь противника, чтобы спасти заточённых авторов. Для этого новая глава библиотеки Татьяна Александровна выпускает на волю Владимира и инсценируют на него нападение, чтобы выманить Ангелину Евгеньевну. Ангелина, видя, что её другу грозит опасность, появляется на поле боя и спасает его. Пока между Ангелиной и книгочеями разгорается бой, Лиля с друзьями нападает на след Елены и Аполлона, однако слишком поздно — те уже успели самостоятельно покинуть книгу.

Герои возвращаются в реальность и попадают на фестиваль комиксов и косплея, где со сцены Елена и Аполлон представляют настоящую Агату посетителям. Саша и Матвей думают, как поймать Агату, но Лилия нападает на неё и своими лучами из глаз убивает толпу посетителей. Оказывается, герои попали не в настоящий мир, и в сюжет внутри сюжета, написанный Еленой и Аполлоном. Книгочеи атакуют Агату, а та натравливает на них двойников-персонажей. Лиля выпускает стрелу в Агату, но та вдруг протыкает шею Лены, своей создательницы, но Инга и Аполлон успешно её лечат. Лаврентий Павлович вытаскивает всех героев из книги, но они обнаруживают, что на улице идёт дождь из чернил.

Список номеров:

• 19. Венец творения — часть 1
• 20. Венец творения — часть 2
• 21. Венец творения — часть 3
• 22. Бабочки в горсти

Показаны события непосредственно после концовки «Экслибриума». Агата, обретя силу обоих цветов монохрома, оживляет Германа, персонажа из своей книги, с которым была близка по сюжету. Во время прогулок с Германом по Москве Агата выясняет, что монохром даёт ей власть над реальностью, но не над временем. Герману не нравится то, что Агата получила такое могущество, и наносит ей удар в спину, как и в концовке сюжета своей книги, на что Агата предлагает найти авторов книги и выяснить, можно ли это исправить. Тем временем Лилия и её друзья устраивают своеобразные «похороны» и траур по Соловью, на котором дают друг другу клятву не умирать.

Список номеров:

• 23. Петля — часть 1
• 24. Петля — часть 2
• 25. Чёрные капли — часть 1
• 26. Чёрные капли — часть 2
• 27. Чёрные капли — часть 3

Сёстры-книгочеи Тамара и Варвара из семьи Леска, аристократического рода книгочеев, имеющего фиолетовый цвет чернил и способность управлять временем, возвращаются домой навестить семью, но мать заточает их в клетке, останавливающей время, чтобы спасти.

Лилия, Матвей, Инга, Кира и Саша хотят остановить дождь из чернил, чтобы предотвратить заражение чернилами обычных людей. Под дождём друзья теряют друг друга: Саша сталкивается с Соловьём, Матвей — с драконом, а Лилия с Владимиром.

Список номеров:

• 28. Чёрные капли — часть 4
• 29. Чёрные капли — часть 5
• 30. Новоселье — часть 1
• 31. Новоселье — часть 2
• 32. Новоселье — часть 3

Огромная туча над городом, испускающая капли дождя, оказывается монстром-Агатой из книги, где были заточены Елена и Аполлон, а настоящая Агата пыталась её сдерживать. Лиля делает выстрел, чтобы покончить с Агатой. Кира, Саша, Инга и Соловей попадают в кокон из теней, где вынуждены заново пережить события своего прошлого. Кира осознаёт, что эти видения не связаны с реальностью, и приходит к выводу, что кому-то из друзей придётся стать новым Костяным Домом — по итогу им становятся Кира и Саша, принёсшие себя в жертву.