Один из сильнейших аргентинских футболистов 1950-60-х годов. Величайший игрок в истории клуба «
Сан-Лоренсо
». Неоднократно становился лучшим бомбардиром чемпионатов Аргентины, Уругвая, Бразилии. В 29 матчах за сборную Аргентины забил 21 гол. Участник
чемпионата мира по футболу 1962
. Из 3-х матчей сборной
Аргентины
на турнире Санфилиппо появлялся на поле в двух: в первой игре группового этапа против сборной
Болгарии
и в следующей — против
Англии
, в которой забил гол. На
чемпионате мира по футболу 1958
Санфилиппо был в заявке, но на поле не выходил.
Начал карьеру в 1953 году в «Сан-Лоренсо» и в период с 1958 по 1961 год неизменно становился лучшим бомбардиром чемпионатов Аргентины. Результат в 34 забитых гола в 1960 году сделал его также и лучшим бомбардиром среди всех чемпионатов в Южной Америке.
В 1963 году Санфилиппо перешёл в «Боку Хуниорс» и за один сезон в составе «сине-золотых» забил 14 голов в 27 играх. С 7-ю мячами он стал лучшим бомбардиром Кубка Либертадорес, а «Бока» вышла в финал турнира, где уступила бразильскому «
Сантосу
».
В марте 1964 года «Бока Хуниорс» встретилась с «Сан-Лоренсо» в предсезонном турнире памяти
Хорхе Ньюбери
. Санфилиппо, недовольный тем, что его не выпустили на поле, ударил главного тренера
Аристобуло Деамбросси
. Он также оскорбил помощника тренера
Адольфо Педернеру
. Тренерский штаб принял решение продать Санфилиппо, президент клуба
(англ.)
(
поддержал это решение.
После «Бока Хуниорс» Санфилиппо выступал в уругвайском «Насьонале» (25 голов в 21 матче), аргентинском «Банфилде», бразильских «Бангу»
и «Баии», перед тем как закончить карьеру двумя чемпионскими титулами в 1972 году в составе родного «Сан-Лоренсо». Только в чемпионатах Аргентины он забил 226 голов в 330 играх — это пятый результат в истории.
В 1978 году Хосе Санфилиппо ещё выходил на поле в качестве футболиста, но это были игры в четвёртом аргентинском Дивизионе.