Епископство основано архиепископом Зальцбурга
Святым Бонифацием
в 739 году. В XIII веке статус епископства был поднят до имперского с правами суверенного княжества империи.
В начале
XVI века
епископ Йоханн III уверенно противостоял протестантской
Реформации
, но уже при его преемнике Панкраце фон Зинценхофене
протестантами
был разрушен собор. Во второй половине XVI века проповедь
иезуитов
, основавших в 1589 году колледж в Регенсбурге, изменила ситуацию в пользу
католиков
. Некоторые приходы вернулся в католицизм в 1614 году. Впоследствии,
Тридцатилетняя война
причинила большой ущерб епархии. Город подвергся разграблению, а духовенство и епископ репрессиям.
В 1653 году была основана епархиальная
семинария
.
В 1668 году с епископа Альберта Сигизмунда началась чреда архиереев Регенсбурга из правившей Баварской династии, и длившаяся в течение 95 лет.