Клуб основан в
2005 году
под названием «Вииторул». В сезоне
2008/09
выиграл
Дивизион «А»
первенства Молдавии и завоевал право выступать в
Национальном дивизионе
. В дебютном сезоне на высшем уровне занял восьмое место. В
2010 году
клуб сменил первоначальное название на «Милсами». По итогам сезона
2012/13
команда заняла четвёртое место, что позволило ей играть в
Лиге Европы 2013/14
. В первом отборочном раунде «Милсами» обыграл
люксембургский
«
Ф91 Дюделанж
»
, во втором раунде было два ничейных результата против «
Шахтёра
» из Солигорска со счётом 1:1, в серии послематчевых пенальти орхейский клуб оказался сильнее
. В третьем раунде в соперники команде достался
французский
клуб «
Сент-Этьен
»
, оба матча «Милсами» проиграл со счётом 0:3
. В сентябре 2013 года в отставку подал Штефан Стойка, а в ноябре этого же года наставником клуба стал бывший главный тренер
сборной России
Георгий Ярцев
. Первую игру под руководством нового тренера команда выиграла у кишинёвского «
Зимбру
» со счетом 4:2
. Однако финишировали орхейцы шестыми, впервые в четырёхлетней истории клуба не сумев попасть в еврокубки. Из-за проблем со здоровьем Ярцев покинул Молдову ещё в первой половине мая 2014, а сезон «орлы» доигрывали под руководством Осипенко, который был ассистентом россиянина, а в июле стал новым главным тренером клуба
. В сезоне 2014/15 клуб впервые в своей истории стал чемпионом Молдавии, в решающем матче команда обыграла кишинёвскую «
Дачию
» со счётом 2:1
.
23 мая 2018 года в финале Кубка Молдовы команда обыграла кишиневский «
Зимбру
» со счетом 2-0 и второй раз в своей истории стала обладателем этого трофея
.