Сантакрус — воспитанник клуба «
Либертад
». 11 августа 2014 года в матче против «
» он дебютировал в
парагвайской Примере
. 20 октября в поединке против «Хенераль Диас» Данило сделал «дубль», забив свои первые голы за клуб
. В том же году он дважды стал чемпионом Парагвая. 5 мая 2017 года в матче
Кубка Либертадорес
против
аргентинского
«
Годой-Крус
» Сантакрус забил гол
.
В 2015 году Сантакрус во второй раз принял участие в
молодёжном чемпионате Южной Америки
в
Уругвае
. На турнире он принял участие в матчах против команд
Колумбии
, Боливии
, Эквадора
, Перу
, Бразилии
и дважды Аргентины
. В поединке против эквадорцев Данило забил гол.