Отец Вернера
Оттон II
был убит в
1111 году
. Его брат
Альбрехт II
, поделившийся с ним ранее землями, в то время правил частью графства Габсбург, а территория, которой владел Оттон, перешла к Вернеру II. Сам Альбрехт не имел детей, и когда он скончался в
1140 году
, Вернер II наследовал ему в части графства, вновь его объединив.
В
1135 году
Вернер II стал ландграфом Верхнего
Эльзаса
, где он обладал обширными поместьями, куда входило аббатство
Мури
, входившее в состав округов
Люцерна
. Вернер умер в Италии, близ
Рима
, когда в императорской армии после битвы при
Тускулуме
вспыхнула эпидемия чумы. Графом Габсбург и ландграфом верхнего Эльзаса стал сын Вернера
Альбрехт III
Богатый
.