В 1922 году решением Священного Синода Константинопольского Патриархата, по инициативе Патриарха Мелетия (Метаксакиса), была образована
Фиатирская архиепископия
с юрисдикцией над Западной и Центральной Европой, в том числе и Мальтой. В марте 2005 года территория Мальты из состава
Фиатирской архиепископии
была передана в ведение
Италийской митрополии
.
Экзархат был создан в соответствии с патриаршим и синодальным томосом от 14 января 2021 года. Территория была выделена из существовавшей до тех пор Италийской и Мальтийской митрополии
. 16 февраля того же года епископ Абидосский
Кирилл (Катерелос)
был избран первым патриаршим экзархом новосозданного экзархата
.