Interested Article - Бета-лист

susan
  • 2020-08-10
  • 1

Пример бета-листа, сложенного из четырёх антипараллельных нитей. Показана кристаллическая структура фермента каталаза (по файлу PDB 1GWE на разрешении 0,88 Å ). a) Вид сверху. Видны водородные связи (линии из точек) между группами NH и CO в аминокислотах. Стрелки показывают направление цепочки. Контурами показана плотность электронов у атомов (кроме водорода). Красные шары — кислород, синие — азот; водород не показан; у боковых цепей показан зелёным только первый атом углерода. b) Вид сбоку на центральные 2 нити. Видно правостороннее закручивание и складчатость слоя, когда боковые цепи последовательно соединенных аминокислот попеременно обращены на разные стороны листа.

β-Лист ( β-складчатый слой ) — одна из форм регулярной вторичной структуры белков , немного более редкая, чем альфа-спираль . Бета-листы состоят из бета-цепей (нитей), связанных с боков двумя или тремя водородными связями , образуя слегка закрученные, складчатые листы.

Объединение множества бета-листов может приводить к образованию белковых агрегатов и фибрилл, наблюдаемых при многих заболеваниях человека и животных, в частности, амилоидозов (в том числе болезни Альцгеймера ).

Номенклатура

Термины были заимствованы из английского языка: β-цепью (β-chain) или β-тяжем (β-strand) называют участок полипептидной цепи длиной от 3 до 10 аминокислот, в вытянутой, практически линейной форме; β-листом (β-sheet) называют структуру из как минимум двух β-цепочек, которые связаны между собой водородными связями .

История

Впервые структура β-листа была предложена Уильямом Астбери в 1930-х годах. Он высказал идею об образовании водородных связей между пептидными группами двух параллельных или антипараллельных β-цепей. Однако у Астбери не было достаточно данных по геометрии связей между аминокислотами для построения чёткой модели, особенно если учесть, что он не знал о планарности пептидной связи . Усовершенствованная модель была предложена Лайнусом Полингом и в 1951 году . Их модель включала планарность пептидной связи, которую они ранее объясняли как результат таутомеризации кето-енола.

Структура и ориентация

Антипараллельные структуры водородных связей β-листа, представленные пунктирными линиями. Атомы кислорода окрашены в красный цвет, а атомы азота — в синий .
Параллельные структуры водородных связей β-листа, представленные пунктирными линиями. Атомы кислорода окрашены в красный цвет, а атомы азота — в синий .

Геометрия

Основная часть β-тяжей расположена по соседству с другими тяжами и образует с ними обширную систему водородных связей между группами C=O и N-H пептидных остовов. В полностью вытянутом β-листе соседние β-тяжи идут вверх, затем вниз, затем опять вверх и т. д. Соседние β-тяжи в β-листе расположены таким образом, что их Cα-атомы находятся рядом и их боковые цепи указывают в одном направлении. Складчатая структура β-тяжа объясняется тем, что углы φ и ψ (между C α и N-H и C α и C=O, соответственно) меньше, чем 180° (−139° и +135°), что приводит к зигзагоподобной форме цепи. Расположение соседних тяжей может быть параллельным или антипараллельным, в зависимости от направления пептидных цепей. Антипараллельное расположение более предпочтительно, поскольку в этом случае межцепочечные водородные связи ориентированы параллельно друг другу и перпендикулярны оси симметрии β-листа.

Идеальный β-лист (такой, в котором конформация главной цепи всех аминокислотных остатков одинакова) имеет плоскую структуру. Однако в 1973 году Чотиа заметил, что в белках β-листы всегда скручены как правый пропеллер, а плоские и левопропеллерные β-листы практически не встречаются .

Аминокислотные особенности

Большие ароматические остатки ( Тир , Фен , Трп ) и β-разветвленные аминокислоты ( Тре , Вал , Иле ) чаще всего находятся в середине β-листа. Интересно, что такие аминокислотные остатки как Про располагаются по краям тяжей в β-листе, предположительно для избегания агрегации белков, которая может привести к формированию амилоидов .

Общие структурные мотивы

Мотив β-шпилька

Мотив β-шпилька

Очень простым структурным мотивом, включающим β-листы, является , в которой две антипараллельные нити связаны короткой петлей из двух-пяти остатков, из которых один часто является глицином или пролином , оба из которых могут принимать конформации двугранного угла, необходимые для плотного поворота или . Отдельные нити также могут быть связаны более сложными способами с более длинными петлями, которые могут содержать α-спирали .

Мотив "Греческий ключ"

Мотив греческого ключа состоит из четырех смежных антипараллельных нитей и соединяющих их петель. Он состоит из трех антипараллельных прядей, соединенных шпильками, в то время как четвертая примыкает к первой и связана с третьей более длинной петлей. Этот тип структуры легко образуется в процессе фолдинга белка . Он был назван в честь узора, общего для греческого орнаментального искусства (см. Меандр ).

Мотив "Греческий ключ"

β-α-β мотив

Мотив β-меандра с внешней поверхности белка А

Из-за хиральности входящих в их состав аминокислот все нити демонстрируют правостороннее скручивание, очевидное в большинстве структур β-листа более высокого порядка. В частности, связующая петля между двумя параллельными нитями почти всегда имеет правую перекрестную хиральность, чему сильно способствует присущая листу извилистость.Эта связующая петля часто содержит спиральную область, и в этом случае она называется мотивом β-α-β. Близкородственный мотив, называемый мотивом β-α-β-α, образует основной компонент наиболее часто наблюдаемой третичной структуры белка - цилиндр ТИМА.

Мотив β-меандр

Мотив Пси-петли из карбоксипептидазы А

Простая белковая топология, состоящая из 2 или более последовательных антипараллельных β-нитей, соединенных вместе шпилечными петлями . Этот мотив распространен в β-листах и может быть найден в нескольких структурных архитектурах, включая β-цилиндры и β-пропеллеры.

Мотив Ψ-петля

Мотив пси петли (Ψ-петли) состоит из двух антипараллельных нитей с одной нитью между ними, которая связана с обеими водородными связями. Существует четыре возможных топологии прядей для одиночных Ψ-петель. Этот мотив встречается редко, так как процесс, приводящий к его образованию, кажется маловероятным во время фолдинга белка. Ψ-петля была впервые идентифицирована в семействе аспарагиновых протеаз .

Структурные архитектуры белков с β-листами

β-листы присутствуют во всех-β, α+β и α/β доменах, а также во многих пептидах или небольших белках с плохо определенной общей архитектурой . Все β-домены могут образовывать β-цилиндры , β-сэндвичи , , и .

Динамические функции

β-плиссированные листовые структуры состоят из протяженных β-нитевых полипептидных цепей, причем нити соединены со своими соседями водородными связями. Благодаря этой расширенной конформации позвоночника β-листы сопротивляются растяжению. β-листы в белках могут осуществлять низкочастотное, похожее на аккордеон, движение, наблюдаемое с помощью рамановской спектроскопии и анализируемое с помощью квазинепрерывной модели .

Параллельные β-спирали

Вид с конца 3-сторонней левозакрученной β-спирали ( PDB )

β-спираль образована из повторяющихся структурных единиц, состоящих из двух или трех коротких β-нитей, соединенных короткими петлями. Эти блоки "укладываются" друг на друга по спирали, так что последовательные повторения одной и той же нити образуют водородную связь друг с другом в параллельной ориентации. См.

В левозакрученных β-спиралях сами нити довольно прямые и раскрученные; результирующие винтовые поверхности почти плоские, образующие правильную треугольную призматическую форму, как показано для 1QRE архейской углекислотной ангидразы справа. Другими примерами являются фермент синтеза липида А LpxA и белки антифриза насекомых с регулярным набором боковых цепей на одной грани, которые имитируют структуру льда .

Вид с конца 3-сторонней правозакрученной β-спирали ( PDB )

Правосторонние β-спирали, типичные для фермента , показанного слева, или белка, похожего на хвост фага P22, имеют менее правильное поперечное сечение, более длинное и с отступом с одной из сторон; из трех петель линкера одна последовательно имеет длину всего два остатка, а другие являются переменными, часто разработанными для образования связующего или активного сайта .

Двусторонняя β-спираль (правозакрученная) обнаружена в некоторых бактериальных металлопротеазах; ее две петли имеют длину по шесть остатков каждая и связывают стабилизирующие ионы кальция для поддержания целостности структуры, используя основу и оксигены боковой цепи Asp мотива последовательности GGXGXD . Эта складка называется β-рулоном в классификации SCOP.


См. Также

Примечания

  1. Pauling L., Corey RB. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1951. — Vol. 37 . — P. 729—740 . — . 21 января 2021 года.
  2. Chothia C. Conformation of twisted beta-pleated sheets in proteins (англ.) // (англ.) ( : journal. — 1973. — Vol. 75 . — P. 295—302 . — .
  3. J. S. Richardson, D. C. Richardson. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2002-03-05. — Vol. 99 , iss. 5 . — P. 2754–2759 . — ISSN . — doi : .
  4. E.Gail Hutchinson, Janet M. Thornton. (англ.) // "Protein Engineering, Design and Selection". — 1993. — Vol. 6 , iss. 3 . — P. 233–245 . — ISSN . — doi : .
  5. . Архивировано из 4 февраля 2012 года.
  6. . Дата обращения: 4 августа 2021. 28 декабря 2016 года.
  7. E. Gail Hutchinson, Janet M. Thornton. (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Genetics. — 1990. — Vol. 8 , iss. 3 . — P. 203–212 . — ISSN . — doi : . 4 августа 2021 года.
  8. T. J. P. Hubbard, A. G. Murzin, S. E. Brenner, C. Chothia. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1997-01-01. — Vol. 25 , iss. 1 . — P. 236–239 . — ISSN . — doi : . 19 июля 2017 года.
  9. Naomi K. Fox, Steven E. Brenner, John-Marc Chandonia. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2014-01. — Vol. 42 , iss. D1 . — P. D304–D309 . — ISSN . — doi : . 7 ноября 2021 года.
  10. P. C. Painter, L. E. Mosher, C. Rhoads. (англ.) // Biopolymers. — 1982-07. — Vol. 21 , iss. 7 . — P. 1469–1472 . — ISSN . — doi : . 4 августа 2021 года.
  11. K.C. Chou. (англ.) // Biophysical Journal. — 1985-08. — Vol. 48 , iss. 2 . — P. 289–297 . — doi : . 10 февраля 2022 года.
  12. Yih-Cherng Liou, Ante Tocilj, Peter L. Davies, Zongchao Jia. (англ.) // Nature. — 2000-07. — Vol. 406 , iss. 6793 . — P. 322–324 . — ISSN . — doi : . 4 августа 2021 года.
  13. Carl-Ivar Brändén. . — 2nd ed. — New York: Garland Pub, 1999. — xiv, 410 pages с. — ISBN 0-8153-2304-2 , 978-0-8153-2304-4, 0-8153-2305-0, 978-0-8153-2305-1. 1 июня 2020 года.
  14. U. Baumann, S. Wu, K. M. Flaherty, D. B. McKay. // The EMBO journal. — 1993-09. — Т. 12 , вып. 9 . — С. 3357–3364 . — ISSN . 4 августа 2021 года.

Дальнейшее чтение

  • . Principles of Protein Structure Using the Internet (31 мая 1996). Дата обращения: 25 мая 2007.
  • . Structural Classification of Proteins (SCOP) (20 октября 2006). Дата обращения: 31 мая 2007. 4 февраля 2012 года.

Внешние ссылки

Источник —

susan
  • 2020-08-10
  • 1
  • Tags:

Same as Бета-лист

The title for the last searches