1972 — Специальное конструкторское бюро научного приборостроения «Оптика» (СКБ НП «Оптика») на хозяйственном расчете под научным руководством Института оптики атмосферы СО АН СССР
1992 — Конструкторско-технологический институт «Оптика» (КТИ «Оптика») в составе Объединенного института оптики атмосферы СО РАН
1997 — Институт оптического мониторинга СО АН СССР
2003 — Институт мониторинга климатических и экологических систем СО РАН с включением в него Томского филиала Института леса им. В. Н. Сукачева СО РАН
Структура
Отделение геофизических исследований
Лаборатория физики климатических систем (ЛФКС)
Лаборатория геоинформационных технологий (ЛГИТ)
Лаборатория биоинформационных технологий (ЛБИТ)
Группа акустических исследований (ГАИ)
Отделение экологических исследований
Лаборатория самоорганизации геосистем (ЛСГ)
Лаборатория мониторинга лесных экосистем (ЛМЛЭС)
Лаборатория дендроэкологии (ЛДЭ)
Группа динамики и устойчивости экосистем (ГДУЭ)
Отделение научного приборостроения
Лаборатория экологического приборостроения (ЛЭП)
Конструкторско-технолоическая лаборатория (КТЛ)
Цех опытного производства (ЦОП)
Офис (отдел) коммерциализации (ОКР)
Международный исследовательский центр СО РАН "Сибирский центр климато-экологических исследований и образования"
Сотрудники института
В институте работают 280 работников (14 докторов наук и 51 кандидат наук по физико-математическим, биологическим, химическим, техническим и географическим наукам), число аспирантов по 8 специальностям - 23.
Дирекция
и.о. директора — Головацкая Евгения Александровна, доктор биологических наук, профессор РАН, в.н.с.