За несколько лет до начала основного действия аниме глава деревни , Четвёртый Хокагэ , ценой собственной жизни запечатывает гигантского в теле новорождённого мальчика, главного героя.

Сирота Наруто Удзумаки после окончания Академии ниндзя попадает в команду № 7 опытного ниндзя Какаси Хатакэ вместе с Сакурой Харуно (которая ему нравится) и лучшим учеником выпуска Саскэ Утихой (поставившего перед собой цель убить старшего брата Итати , когда-то уничтожившего почти весь клан ).

В первой же серьёзной миссии они сталкиваются с опасными синоби — преступником Дзабудзой Момоти и Юки Хаку .

После удачного окончания миссии Какаси выдвигает троих подопечных на участие в экзамене на звание , более высокой ступени в иерархии ниндзя.

Продолжение экзамена на звание тюнина. Во время испытания в лесу на команду № 7 нападает международный преступник Саннин Оротимару . Несмотря на это, руководство деревни решает не останавливать экзамен. Из-за большого числа прошедших в финальный этап проводится дополнительный раунд — бой между претендентами один на один.

Наруто знакомится с Дзирайей , одним из Легендарных Саннинов, и просит его стать своим учителем. Начинаются битвы финальной части экзамена. Во время поединка между Саскэ и Гаарой на Коноху внезапно нападают ниндзя деревень Песка и Звука, а на Третьего Хокагэ — Оротимару.

Третий Хокагэ погибает от рук Оротимару, самому саннину удаётся скрыться. Ниндзя селений Песка и Звука также отступают.

Дзирайе предлагают пост Пятого Хокагэ, однако он отказывается под предлогом, что есть более достойный кандидат — другой Саннин, Цунадэ . Вместе с Наруто он отправляется на её поиски, и та соглашается занять пост лидера деревни.

Саскэ, осознающий, насколько велика разница в способностях между ним и братом, которого стремится убить, отправляется к Оротимару, чтобы стать его учеником и познать новую силу. В погоню за ним отправляется команда из Конохи.

Миссия ниндзя Конохи по возвращению Саскэ проваливается. Наруто соглашается стать полноценным учеником Дзирайи и отправиться с ним в странствия на 3 года.

Многочисленные филлерные сюжеты.

Многочисленные филлерные сюжеты.

Многочисленные филлерные сюжеты.
Наруто вместе с Дзирайей покидают Коноху.

Наруто возвращается в родное селение. Члены таинственной организации Акацуки , стремящиеся поймать всех людей, внутри которых заключены бидзю (существа с огромным количеством чакры), захватывают Гаару, лидера деревни Скрытого Песка. Ниндзя Конохи отправляются на подмогу. В жестоком бою Тиё и Сакура убивают , члена Акацуки. Тиё воскрешает Гаару ценой своей жизни.

Команда № 7 в обновлённом составе (Наруто, Сакура и Сай под руководством Ямато ) преследует шпиона Сасори, коим оказывается Кабуто , помощник Оротимару. В одном из убежищ злодея они встречают Саскэ, но схватить его не удаётся.

Филлерный сюжет об элитной охране руководства страны — двенадцати стражах-ниндзя.

Наруто удаётся создать улучшенную версию своей самой мощной техники, Расэнгана . Ниндзя Конохи уничтожают двух членов Акацуки — Хидана и Какудзу.

Филлерный сюжет о поимке Трёххвостого бидзю.

Саскэ побеждает Оротимару и заключает его душу в мире гэндзюцу. Дзирайя погибает в схватке с Пэйном, членом Акацуки. Саскэ убивает старшего брата, однако из слов лидера Акацуки, Тоби , узнаёт, что уничтожение его клана было поручено Итати руководством Конохи. Считая жителей деревни, скрытой в Листве, ответственными за смерть Итати, Саскэ собирает свою команду и объявляет, что намеревается стереть селение с лица земли.

Филлерный сюжет об Утакате, в чьём теле заключён Шестихвостый бидзю.

В Коноху приходят известия о гибели Дзирайи. Жаба-мудрец Фукасаку обучает Наруто сэндзюцу и Режиму Отшельника. Члены Акацуки Пэйн и Конан нападают на деревню, и Наруто встаёт на её защиту.

Экранизация манги вперемешку с филлерными сюжетами о детстве Наруто Удзумаки.

Для противодействия Акацуки великие страны созывают Совет пяти Кагэ. Акацуки нападают на Совет; Тоби объявляет Кагэ войну; Саскэ убивает Дандзо, после чего атакующие отступают. Саскэ пересаживает себе глаза Итати для получения Вечного Мангэкё Сярингана.

Кагэ принимают решение эвакуировать двух оставшихся , Наруто и Киллера Би, на остров в стране Молний. Филлерные серии о путешествиях Наруто и его команды в страну Молний .

Наруто прибывает на остров и знакомится с Киллером Би, который начинает обучать его контролировать силу Девятихвостого. Во время сражения с Девятихвостым Наруто встречает свою мать Кусину Удзумаки, которая помогает победить демона-лиса и рассказывает ему о нападении Девятихвостого на Коноху 16 лет назад, за которым стоял Тоби. Прощаясь с матерью, Наруто испытывает свой новые способности и с помощью одной из них, чувствовать эмоций людей, обнаруживает Кисамэ, который, отправив информацию о дзинтюрики Акацуки, совершает самоубийство, чтобы не попасть в руки врагам. Тоби отправляется в Деревню Дождя, где убивает Конан и забирает риннэган Нагато. Кабуто отправляется на остров, где проводит быструю операцию, в результате которой захватывает Ямато и доставляет его в логово Акацуки с целью использовать для увеличения армии Дзэцу, ранее созданной Тоби. Альянс пяти стран синоби создаёт Объединённую армию. Кабуто с помощью техники «вселенского воскрешения» вызывает с того света всех дзинтюрики, бывших кагэ, отличившихся ниндзя, а также близких и родных, при этом у них остается при себе их разум и душа, но они не могут управлять своим телом.

Наруто догадывается, что от него что-то скрывают, и сбегает с тренировок. Киллер Би даёт Ируке обещание, что будет защищать Наруто до конца, и отправляется вслед за ним. Вместе они пробивают барьер и покидают остров. 4-й Райкагэ и Цунадэ выдвигаются навстречу, чтобы остановить их. Райкагэ понимает, что Наруто сможет решить исход войны, и отпускает его на поле боя. Тем временем Тоби модифицировал тела бывших дзинтюрики. Теперь они новые 6 Путей Пэйна, с теми же глазами, что и у Тоби.

Полк Какаси вступает в бой с ниндзя, в числе которых состоят Гари, Пакура, Хаку и Дзабудза. В самом разгаре боя с помощью Эдо Тэнсэй призываются бывшие члены 7-и синоби-мечников Тумана.

Несколько филлерных сюжетов с воскрешёнными мечниками Тумана. Шесть последних филлерных серий вышли в честь выпуска пятисот эпизодов «Наруто» под общим названием «Сила» (力 — тикара).

Несколько филлерных сюжетов с воскрешёнными синоби.

Наруто и Киллер Би встречают Тоби и его 6 Путей, которые представляют собой дзинтюрики. Саскэ, испробовав Вечный Мангэкё Сяринган на Белом Дзэцу, сбегает из убежища. Дзинтюрики становятся всё сильнее, переходя один за другим в режим Бидзю. На помощь к Наруто и Би приходят Гай и Какаси. Наруто и Курама объединяются, и Удзумаки полностью перевоплощается в Бидзю. Наруто находит все стержни, но Бидзю создают огромную Бомбу Хвостатых, однако Наруто удается её отразить той же атакой. Теперь остался только Тоби — все Бидзю были снова помещены внутрь Гэдо Мадзо. Тем временем Саскэ, заметив воскрешённого Итати, начинает следовать за ним и затевает разговор. Они добираются до логова Кабуто. Итати намеревается заставить Кабуто остановить Эдо Тэнсэй, но тот говорит, что у этой техники нет слабых мест. Итати использует на Кабуто технику, схожую с Идзанаги — Идзанами, и с помощью неё побеждает его. Эдо Тэнсэй прервано. Все души возвращаются в иной мир, кроме Мадары, которому удаётся разрушить контракт с призывающим. Суйгэцу и Дзюго находят Саскэ и передают ему свиток. Саскэ освобождает Проклятую Метку Анко и воскрешает Оротимару. Тоби начинает подготовку к воскрешению Десятихвостого. В ходе битвы Наруто и его команде с трудом удается разбить маску Тоби и увидеть его личность — Обито Утиха. Рядом с ним внезапно появляется его напарник — Мадара Утиха.

Саскэ, Оротимару, Суйгэцу и Дзюго прибывают в Коноху. Оротимару с помощью маски Синигами освобождает души всех хокагэ и воскрешает их. Саскэ интересна правда о своём клане Утиха и брате Итати, а также значение деревни и её синоби. Хокагэ по очереди отвечают Саскэ на его вопросы. Хасирама рассказывает историю его знакомства с Мадарой. Решимость Хасирамы в достижении своей цели позволила кланам Утиха и Сэндзю объединиться. Хасирама и Мадара основывают деревню Скрытого Листа, их примеру следуют другие страны. Хасирама предлагает Мадаре стать Хокагэ, но в итоге сам становится им. Из-за враждебного настроя Тобирамы Мадара считает, что рано или поздно это уничтожит клан, и решает покинуть деревню. Задумавшись над рассказом Хасирамы, Саскэ приходит к выводу, что мир в Деревне Скрытого Листа — это то, за что боролись его брат и многие другие, отдавая жизни и даже вешая на себя ярлык предателя. Пока Наруто, сражаясь на поле боя, раздаёт чакру Альянсу синоби, Какаси и Обито перемещаются в другое измерение. Десятихвостый готовится к атаке. На поле боя появляются четверо Хокагэ, а за ними Саскэ.

В сезоне есть четыре филлер-серии, вышедшие в честь некоторых событий:

• две из них к выходу игры Naruto Shippuuden: Ultimate Ninja Storm Revolution ;
• остальные две — к выходу десятого фильма в кинотеатрах Японии.

Под действием вечного цукуёми оказываются все люди на планете, кроме Наруто, Саскэ, Сакуры, Какаси, Обито и Мадары. В вечном цукуёми показывают то, о чём мечтает каждый.

В конце сезона показаны мечты персонажей, не показанные или не раскрытые в основной манге:

• Ямато (официальный лидер команды № 7 и уважаемый синоби)
• Тэн-Тэн (она прославленный мастер холодного оружия, жив Нэдзи, сдержанные и стильные Ли и Майт Гай)
• Киллер Би (совместные приключения всех дзинтюрики и их хвостатых зверей)
• Карин (убийство синоби из Деревни Травы, вновь увидеть улыбку Саскэ)

Также показаны живые Дан (в качестве Хокагэ), Наваки и сам Дзирайя.

После боя с Кабуто Итати передал свои воспоминания Саскэ. Всё, что с ним происходило с детства: следы войны, рождение младшего брата, убийство клана, вступление в ряды Акацуки, его бой с Оротимару, роковая встреча с Наруто. Все мысли и чувства Итати переживает Саскэ.

Саскэ и Наруто пытаются запечатать Кагую. Командная работа Саскэ и Наруто даёт возможность нанести удар благодаря отвлекающей тактике Наруто «извращённая техника соблазнения обратный гарем». После долгого боя товарищам удаётся запечатать Кагую. Саскэ объявляет о революции, начинает захватывать всех бидзю своим риннэганом и вызывает Наруто на бой в долине Завершения.

• Флешбэк — история Кагуи Ооцуцуки (Мать Мудреца шести путей)
• Флешбэк-история Хагоромо Ооцуцуки (Мудрец шести путей) и его сыновей Индры Ооцуцуки и Асуры Ооцуцуки.
• Флешбэк-история: команда гэнинов № 7 (Наруто, Саскэ и Сакура) выбирают себе миссию ранга С. Их цель — узнать, что скрывает маска Какаси (лицо Какаси показывают).

События спустя два года после окончания войны:

• Филлерные сюжеты о детстве героев.
• Филлерный сюжет о путешествии Саскэ.
• Филлерный сюжет о миссии Сикамару.
• Филлерные сюжеты о подготовке к свадьбе Наруто.