17 мая 2007 года в Москве состоялось подписание
Акта о каноническом общении
, согласно которому РПЦЗ входила в состав
Московского Патриархата
на правах
самоуправляемой церкви
. Это было принято не всеми клириками и мирянами РПЦЗ
. В связи с этим от
Архиерейского синода РПЦЗ
, возглавляемого митрополитом
Лавром (Шкурлой)
, откололся ряд общин по всему миру, признав своим лидером епископа
Агафангела (Пашковского)
, единственного иерарха РПЦЗ выступившему против подписания «Акта». В Южной Америке большинство приходов, священнослужителей и мирян РПЦЗ не приняли «Акта», перейдя в подчинение епископа Агафангела. Для восстановления нормальной церковной жизни было созвано Собрание представителей всех приходов РПЦЗ, на котором было решено учредить Временное высшее церковное управление с целью подготовки и организации V всезарубежного собора
. На первом же заседании ВВЦУ был избран временный администратор Южно-Американской епархии, им стал протоиерей
Георгий Петренко
, настоятель
Никольского собора
в
Сан-Паулу
, пользовавшийся большим уважением среди прихожан
.
30 июля 2009 года Южную Америку посетил Агафангел (Пашковский) ставший к тому времени первоиерархом РПЦЗ(А) в сане митрополита. 3 августа 2009 года он постриг протоиерея Георгия Петренко в монашество с наречением имени Григорий, а 8 августа возглавил его хиротонию в сан епископа Сан-Паульского и Южно-Американского
.
23 апреля 2015 года скончался старейший клирик епархии митрофорный протоиерей Валентин Ивашевич
.
1 ноября 2021 года от коронавирусной инфекции скончался митрофорный протоиерей Владимир Шленев.
1 ноября 2023 года архиепископ Южно-Американский Григорий (Петренко) совершил благослужение в храме Успения Божией Матери при женской обители и школе для девочек, существующей под началом игумении Иулиании (Зарзар). Настоятель данного прихода архимандрит Вениамин (Вознюк) молился и причастился за Божественной Литургией, и они, вместе и игуменией Иулианией, таким образом присоединились к Южно-Американской епархии РПЦЗ(А)
.
Приходы и общины
Список приходов даётся согласно официальному сайту РПЦЗ (А)
. Приходы, де-факто не принадлежащие епархии, зачёркнуты.