Жонатан Жаниль начал профессиональную карьеру в родном городе за местный клуб «Канн». В сезоне 2004/05 дебютировал во французской лиге. Летом 2010 года Жонатан подписал контракт с клубом «Руан». В составе клуба стал двукратным чемпионом страны и обладателем
континентального кубка
. Призывался в юниорскую и молодёжную сборную Франции. В 2011 году впервые сыграл на первенстве планеты.