Воспитанник «
Бенфики
». За родную команду провел всего одну игру. Большую часть времени Мануэл Жозе отыграл в низших лигах. Завершил свою карьеру полузащитник в команде «Спортинг» (Эшпинью). В ней же он начал свою тренерскую деятельность. На родине специалист работал со «
Спортингом
», «Бенфикой», «
Боавиштой
» и «
Брагой
». Много лет специалист успешно работал за рубежом. Под его руководством
египетский
«
Аль-Ахли
» трижды побеждал в
африканской Лиге чемпионов
и четырежды становился
чемпионом страны
. В 2006 году Мануэл Жозе привел свою команду к бронзе на
клубном чемпионате мира ФИФА
. Таким образом, «Аль-Ахли» стал первым африканским коллективом, завоевавшем медали на этом межконтинентальном турнире. Именно португальский тренер достиг с египтянами рекордной беспроигрышной серии в 55 матчей.
Помимо клубной работы, наставник возглавлял
сборную Анголы
.
В 2015 году Мануэл Жозе претендовал на звание лучшего португальского тренера столетия, но уступил его
Жозе Моуринью
.