Interested Article - Генетическая карта

Генетическая карта (карта сцепления ) куриного генома

Генети́ческая ка́рта — схема взаимного расположения структурных генов , регуляторных элементов и генетических маркеров , а также относительных расстояний между ними на хромосоме ( группе сцепления ) . Метод построения генетических карт называется генетическим картированием .

История генетического картирования

Первоначально взаимное расположение генов на хромосомах определяли по частоте кроссинговера (перекрёста) между ними. Впервые на возможность подобного построения генетических карт хромосом экспериментально показали в 1913 —1915 годах Т. Морган , А. Стёртевант и другие сотрудники Моргана, основываясь на явлениях сцепления генов и кроссинговера . С тех пор генетическое расстояние принято измерять в сантиморганах (или сантиморганидах, сокращённо — cM ), при этом 1 cM соответствует частоте кроссинговера в 1 % .

Первым организмом, для которого была получена генетическая карта, стала чернобрюхая дрозофила ( Drosophila melanogaster ). В дальнейшем генетическое картирование стали осуществлять для других видов . Так, первой птицей и первым домашним животным , для которых была построена генетическая карта, стала курица . Приоритет в построении первой генетической карты курицы и её опубликовании в 1930 году принадлежит советским русским учёным А. С. Серебровскому и С. Г. Петрову .

Другие виды картирования

Графическое представление нормального человеческого кариотипа в виде идиограмм всех его хромосом

Помимо генетических, существуют и другие карты хромосом:

Цитогенетическая карта — пространственное представление порядка взаимного расположения структурных элементов хромосом (например, их дифференциально окрашенных участков на идеограммах ) или локусов гибридизации меченых ДНК-зондов (см. Флуоресцентная гибридизация in situ ).
— представление порядка следования физических маркеров (фрагментов молекулы ДНК ), расстояние между которыми определяется в парах нуклеотидов (п. н.) .
— вид физической карты, на которой указан порядок следования и расстояния между сайтами расщепления ДНК-рестриктазами (обычно участок узнавания рестриктазы размером 4—6 п. н.). Маркерами этой карты являются рестрикционные фрагменты ( сайты рестрикции ).

Конечной целью изучения генома данного организма является интеграция его генетических, цитогенетических и физических карт , а также их привязка к полной геномной последовательности .

Также картирование генома возможно с помощью биоинформатических методов. Для этого сначала проводят секвенирование генома, полученные риды выравнивают, получают контиги и скаффолды, которые затем картируют на геном специальными программами картировщиками.

Генетическое и физическое картирование

Возможность картирования основана на теоретическом постоянстве процента кроссинговера между определёнными генами. Однако при таком методе генетического картирования физическое расстояние между генами нередко отличается от их генетического расстояния, так как кроссинговер происходит не с одинаковой вероятностью в разных участках хромосом. При использовании современных методов генетического картирования расстояние между генами измеряется в тысячах пар нуклеотидов (т. п. н.) и соответствует физическому.

При создании генетической карты устанавливают последовательности расположения генетических маркеров (в этом качестве использовали различные полиморфные локусы ДНК, то есть наследуемые вариации в структуре ДНК) по длине всех хромосом с определённой плотностью, то есть на достаточно близком расстоянии друг от друга . Относительно этих маркеров можно картировать и собственно гены, определяя их положение на карте той или иной хромосомы .

Картирование генома человека

С 1990 по 2003 год, благодаря программе «Геном человека» , была получена целостная картина человеческого генома , основанная на его генетических и физических картах. Но генетический материал, использованный в проекте генома человека был получен от нескольких добровольцев. Поэтому собранный геном был чем-то усреднёнными между геномами всех добровольцев. Однако уже в 2022 году получилось собрать полноценный геном высокого качества одного человека. Генетическая карта маркерных последовательностей призвана облегчить картирование всех генов человека , особенно генов наследственных болезней , что является одной из основных целей указанной программы. В ходе её реализации за относительно короткое время было генетически картировано несколько тысяч генов.

Генетические карты человека используются ныне в медицине при диагностике ряда тяжёлых наследственных заболеваний человека.

Картирование геномов других организмов

Генетические карты хромосом составлены для многих видов организмов: насекомых ( дрозофилы , комары , тараканы и др.), грибов ( дрожжи , аспергилл ), для бактерий и вирусов и т. д.

В исследованиях эволюционного процесса сравнивают генетические карты разных видов живых организмов.

См. также

Примечания

Groenen M. A., Cheng H. H., Bumstead N., Benkel B. F., Briles W. E., Burke T., Burt D. W., Crittenden L. B., Dodgson J., Hillel J., Lamont S., de Leon A. P., Soller M., Takahashi H., Vignal A. (англ.) // : журнал. — Cold Spring Harbor , NY , USA : , 2000. — Vol. 10 , no. 1 . — P. 137—147 . — ISSN . — doi : . — . 19 марта 2015 года. (Дата обращения: 19 марта 2015)
Арефьев В. А., Лисовенко Л. А. Англо-русский толковый словарь генетических терминов / Науч. ред. Л. И. Патрушев. генетическая карта // Биология: Молекулярная биология и генетика. Толковый словарь (рус.) . — 1995.
↑ Тарантул B. З. Генетические карты сцепления: общие сведения // . — M.: Языки славянских культур, 2009. — 936 с. — ISBN 978-5-9551-0342-6 . 20 марта 2015 года. (Дата обращения: 22 марта 2015)
Тарантул B. З. Генетическое картирование // . — M.: Языки славянских культур, 2009. — 936 с. — ISBN 978-5-9551-0342-6 . 19 марта 2015 года. (Дата обращения: 22 марта 2015)
Morgan T. H., Sturtevant A. H., Muller H. J., Bridges C. B. The Mechanism of Mendelian Heredity. — Revised edn. — New York , NY, USA: , 1922. — 384 p. (англ.) (Дата обращения: 23 марта 2015) 20 марта 2008 года.
Серебровский А. С., Петров С. Г. К составлению плана хромосом домашней курицы // Журнал экспериментальной биологии. — 1930. — Т. 6. — Вып. 3. — С. 157—180.
См. от 24 сентября 2015 на Wayback Machine изображающий карту Серебровского и Петрова, который был опубликован в статье «К составлению плана хромосом домашней курицы» (1930). (Дата обращения: 15 февраля 2015) (неопр.) . Дата обращения: 23 марта 2015. 15 февраля 2015 года.
Генетическая карта — статья из Большой советской энциклопедии . (Дата обращения: 25 мая 2007) (неопр.) . Дата обращения: 23 марта 2015. Архивировано из 2 мая 2005 года.
См. некролог С. Г. Петрова (1903—1999): Moiseyeva I., Romanov M., Pigaryev N. от 29 октября 2019 на Wayback Machine // . — 2000. — Vol. 56. — No. 4. — P. 437—438. (англ.) (Дата обращения: 15 февраля 2015) (неопр.) . Дата обращения: 23 марта 2015. 15 февраля 2015 года.
Тарантул B. З. Цитогенетическое картирование (cytogenetic mapping) // . — M.: Языки славянских культур, 2009. — 936 с. — ISBN 978-5-9551-0342-6 . 19 марта 2015 года. (Дата обращения: 23 марта 2015)
Александров А. А., Ковалёв П. В. (неопр.) . База знаний по молекулярной и общей биологии человека . М. : HUMBIO; ООО «Лайт Телеком». Дата обращения: 23 марта 2015. 23 марта 2015 года.
Тарантул B. З. Физическая карта (physical map) // . — M.: Языки славянских культур, 2009. — 936 с. — ISBN 978-5-9551-0342-6 . 20 марта 2015 года. (Дата обращения: 23 марта 2015)
Ren C. W., Lee M.-K., Yan B., Ding K., Cox B., Romanov M. N., Price J. A., Dodgson J. B., Zhang H.-B. // Genome Research. — 2003. — Vol. 13. — No. 12. — P. 2754—2758. (англ.) (Дата обращения: 15 февраля 2015) 15 февраля 2015 года.
Wallis J. W., Aerts J., Groenen M. A., Crooijmans R. P., Layman D., Graves T. A., Scheer D. E., Kremitzki C., Fedele M. J., Mudd N. K., Cardenas M., Higginbotham J., Carter J., McGrane R., Gaige T., Mead K., Walker J., Albracht D., Davito J., Yang S. P., Leong S., Chinwalla A., Sekhon M., Wylie K., Dodgson J., Romanov M. N., Cheng H., de Jong P. J., Osoegawa K., Nefedov M., Zhang H., McPherson J. D., Krzywinski M., Schein J., Hillier L., Mardis E. R., Wilson R. K., Warren W. C. (англ.) // Nature : журнал. — London , UK : Nature Publishing Group , 2004. — Vol. 432 , no. 7018 . — P. 793—800 . — ISSN . — doi : . — . 15 марта 2015 года. (Дата обращения: 15 марта 2015)
Тарантул B. З. Рестрикционная карта, карта рестрикции (restriction map) // . — M.: Языки славянских культур, 2009. — 936 с. — ISBN 978-5-9551-0342-6 . 19 марта 2015 года. (Дата обращения: 23 марта 2015)
Romanov M. N., Price J. A., Dodgson J. B. (англ.) // : журнал. — Basel , Switzerland : , 2003. — Vol. 102 , no. 1—4 . — P. 277—281 . — ISSN . — doi : . — . 23 марта 2015 года. (Дата обращения: 23 марта 2015)
Dodgson J. B., Romanov M. N., Sizemore F. G., Price J. A. (2003-02-05). . Conference “Advances in Genome Biology and Technology, in cooperation with Automation in Mapping and DNA Sequencing”, , February 5—8, 2003. Marco Island, FL , USA: Advances in Genome Biology and Technology. p. 25. Архивировано из 2 апреля 2015 . Дата обращения: 23 марта 2015 . {{ cite conference }} : Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) ( ссылка ) (англ.)
Romanov M. N., Daniels L. M., Dodgson J. B., Delany M. E. (англ.) // Chromosome Research : журнал. — Berlin — Heidelberg , Germany : Springer Science+Business Media , 2005. — Vol. 13 , no. 2 . — P. 215—222 . — ISSN . — doi : . — . 23 марта 2015 года. (Дата обращения: 23 марта 2015)
Dodgson J. B., Romanov M. N. (2004-06-06). . Symposium Talk and Plenary Lecture Abstracts . . Scottsdale, AZ , USA: Arizona State University . Abstract T26. Архивировано из 2 сентября 2006 . Дата обращения: 2 сентября 2006 . {{ cite conference }} : Конфликт с URL–викиссылкой ( справка ) (англ.)
Ge S. F., Romanov M. N., Sharp P. J., Burt D. W., Paton I. R., Dunn I. C. (англ.) // Animal Genetics : журнал. — International Society for Animal Genetics; Blackwell Publishers Ltd, 2001. — Vol. 32, no. 1 . — P. 50. — ISSN . — doi : . — . 31 октября 2020 года. (Дата обращения: 27 октября 2020)