Жан родился в алжирском городе
Мостаганем
, бывший в то время французским. Первым клубом Фернандеса стал
Безье
, за который он играл 3 года и сыграл 61 матч. В 1975 году он перешел в марсельский «Олимпик». За пятилетнюю карьеру за бело-голубых сыграл свыше ста матчей, и забил один гол. Покинув «Марсель», Фернандес стал игроком «
Бордо
» из
Жиронды
. Завершил карьеру в «
Канне
» в 1984 году.
Через год Жан стал тренером «Канна», и проработал там пять лет
. В дальнейшем тренировал ряд французских и зарубежных клубов.