Interested Article - Оксианионная дыра

Оксианионная дыра сериновой протеазы (черный) стабилизирует накопление отрицательного заряда в переходном состоянии субстрата (красный) с помощью водородных связей амидов основной цепи фермента (синий).

Оксианионная дыра — это карман в активном центре фермента, который стабилизирует отрицательный заряд переходного состояния кислороде или алкоксиде . Карман обычно состоит из амидов основной цепи или положительно заряженных остатков. Стабилизация переходного состояния снижает энергию активации, необходимую для реакции, и, таким образом, способствует катализу . Например, протеазы, такие как содержат оксианионную дыру для стабилизации аниона, образующегося во время протеолиза, и защищают отрицательно заряженный кислород субстрата от молекул воды . Кроме того, оксианионная дыра может позволить вставлять или позиционировать субстрат, который будет страдать от стерических помех, если он не сможет занять соответствующее отверстие (например, BPG в гемоглобине ). Ферменты, катализирующие многоступенчатые реакции, могут иметь несколько оксианионных дыр, которые стабилизируют различные переходные состояния в реакции .

См. также

Примечания

Jeremy M. Berg. . — 5th ed. — New York: W.H. Freeman, 2002. — 1 volume (various pagings) с. — ISBN 0-7167-3051-0 , 978-0-7167-3051-4, 0-7167-4954-8, 978-0-7167-4954-7, 0-7167-4684-0, 978-0-7167-4684-3, 0-7167-4955-6, 978-0-7167-4955-4. 27 октября 2007 года.
Simón, Luis (March 19, 2010). "Enzyme Catalysis by Hydrogen Bonds: The Balance between Transition State Binding and Substrate Binding in Oxyanion Holes". The Journal of Organic Chemistry . 75 (6): 1831—1840. doi : . ISSN . PMID .
Ménard, Robert (1992). "Oxyanion Hole Interactions in Serine and Cysteine Proteases". Biological Chemistry Hoppe-Seyler . 373 (2): 393—400. doi : . PMID .
Kursula, Petri (December 1, 2002). "The Catalytic Cycle of Biosynthetic Thiolase: A Conformational Journey of an Acetyl Group through Four Binding Modes and Two Oxyanion Holes‡". Biochemistry . 41 (52): 15543—15556. doi : . ISSN . PMID .