Interested Article - Эндонуклеазы рестрикции

brigid
  • 2021-02-17
  • 1

Эндонуклеазы рестрикции, рестриктазы (от лат. restrictio — ограничение, следует отказаться от термина "рестриктаза", как вульгаризованного) — группа ферментов , относящихся к классу гидролаз , катализирующих реакцию гидролиза нуклеиновых кислот .

В отличие от экзонуклеаз , эндонуклеазы рестрикции расщепляют нуклеиновые кислоты не с конца молекулы, а в середине. При этом каждый такой фермент узнаёт определённый участок ДНК (сайт) длиной от четырёх пар нуклеотидов (возможно вырождение) и расщепляет нуклеотидную цепь внутри участка узнавания или вне его.

Защита бактериального генома от собственной эндонуклеазы рестрикции осуществляется, как правило, с помощью метилирования нуклеотидных остатков аденина и цитозина (маскирования) .

При проведении дайджеста в неоптимальных условиях (особенно при превышении концентрации фермента) эндонуклеазы проявляют звёздчатую активность (снижение специфичности рестрикции).

Классификация

Выделяют три основных типа (или класса) ферментов рестрикции, для которых могут быть симметричными ( палиндромными ) и несимметричными :

  • Эндонуклеазы рестрикции первого типа (например, Есо К из Escherichia coli К12) узнают определённую последовательность нуклеотидов и разрезают двуцепочную молекулу ДНК неподалёку от этой последовательности в произвольной точке, и само место разреза не строго специально (по-видимому, после образования комплекса с ДНК фермент неспецифически взаимодействует с удалённой областью ДНК или передвигается вдоль цепи ДНК). Обладают рестриктазной, метилазной и АТФазной активностями.
  • Эндонуклеазы рестрикции второго типа (например, Eco RI, XbaI ) узнают определённую последовательность и разрезают двойную цепь ДНК в определённой фиксированной точке внутри этой последовательности. Эндонуклеазы рестрикции этого типа узнают палиндромные последовательности, которые обладают центральной осью и считываются одинаково в обе стороны от оси симметрии. Не обладают АТФазной активностью.
  • Эндонуклеазы рестрикции третьего промежуточного типа (например, Eco PI) узнают нужную последовательность и разрезают двуцепочную молекулу ДНК, отступив определённое число нуклеотидных пар от её конца (или в нескольких точках на разном удалении от сайта узнавания). При этом образуются фрагменты ДНК либо с ровными (тупыми) концами, либо с выступающими (липкими) 5'- или 3'-концами. Эти эндонуклеазы рестрикции узнают асимметричные сайты. Эти их свойства широко используются в различных методах сборки ДНК in vitro , как, например, сборка Golden Gate . Эти эндонуклеазы рестрикции обладают рестриктазной,метилазной и АТФ-азной активностями

К 2007 году выделено более трёх тысяч эндонуклеаз рестрикции. Более шестисот эндонуклеаз рестрикции доступны в виде коммерческих препаратов и повседневно используются в лабораториях для модификации ДНК и решения генно-инженерных задач.

Номенклатура рестриктаз

С момента их открытия в 1970-х годах было идентифицировано множество ферментов рестрикции; например, охарактеризовано более 3500 различных ферментов рестрикции типа II. Каждый фермент назван по имени бактерии, из которой он был выделен, с использованием системы наименований, основанной на роде, виде и штамме. Например, название фермента рестрикции EcoRI было получено, как показано в приведенной таблице:

Разбор названия рестриктазы EcoRI
Часть аббревиатуры Значение Что описывает
E Escherichia родовое название
co coli видовое название
R RY13 штамм
I Первая порядок идентификации в бактерии

Изошизомеры

Изошизомеры — это пары эндонуклеаз рестрикции, имеющих специфичность к распознаванию одинаковых последовательностей, но иногда отличающихся по наличию метилированных нуклеотидных остатков , и разрезающих эти последовательности в одинаковых местах. Например, изошизомерами являются рестриктазы (CGTAC^G) и (CGTAC^G). Первый выделенный фермент для узнавания и специфического разрезания заданной последовательности, называют прототипом , а все остальные подобные рестриктазы называют изошизомерами .

Изошизомеры выделяют из разных штаммов бактерий и поэтому разные изошизомеры могут требовать разных условий реакции .

Гетерошизомеры (неошизомеры)

Фермент , узнающий такую же последовательность, но разрезающий её по-другому, называют гетерошизомером (неошизомером) . Например, рестриктазы (GGG^CCC) и (G^GGCCC) являются гетерошизомерами, но не изошизомерами друг для друга.

Изокаудомеры

Эндонуклеазы рестрикции, распознающие совершенно разные последовательности, но образующие одинаковые концы, называют изокаудомерами .

Искусственные рестриктазы

В генной инженерии широко используются искусственные эндонуклеазы рестрикции, получаемые путём слияния ДНК-связывающего домена цинкового пальца с ДНК-разрезающим доменом нуклеазы . Домен цинкового пальца может быть спроектирован так чтобы узнавать и связываться с желаемой последовательностью ДНК . Альтернативой нуклеазам с цинковым пальцем являются искусственные ферменты рестрикции , получаемые путём слияния ДНК-связывающего домена с доменом расщепления ДНК .

Эндонуклеазы, работающие по «наводке» РНК

Для редактирования генома в клетках человека используются также эндонуклеазы системы CRISPR - Cas9 , расщепляющие определённые последовательности ДНК по «наводке» комплементарной РНК . В отличие от цинковых пальцев и TALEN, системе CRISPR-Cas для узнавания ДНК требуется только создание соответствующей последовательности РНК «гида», а не создание новых белковых доменов фермента, что делает этот метод гораздо более доступным благодаря простоте и сравнительной дешевизне .

Перспективной видится разработка Fanzor – гомологов CRISPR - Cas9 , обнаруженных у .

Значение

В практической молекулярной биологии чаще всего используются эндонуклеазы рестрикции II типа, сайт узнавания для которых в большинстве случаев представляет собой палиндром . Все эндонуклеазы рестрикции II типа — Mg 2+ -зависимы.

Эндонуклеазы рестрикции — часть сложной системы рестрикции-модификации , используемой бактериальными клетками для регуляции содержания и активности ДНК в клетке.

Открытие эндонуклеаз рестрикции в 1970-х годах вместе с разработкой способов секвенирования ДНК послужило основным толчком для развития генетической инженерии .

В настоящее время эндонуклеазы рестрикции с различными сайтами узнавания являются основным инструментом генетических исследований и генной инженерии .

См. также

Примечания

  1. Альбертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Рэфф М., Робертс К., Уотсон Дж. Молекулярная биология клетки: в трех томах. — 2. — Москва: Мир, 1994. — Т. 1. — 517 с. — 10 000 экз. — ISBN 5030019855 .
  2. Айала Ф. Д. Современная генетика. 1987.
  3. Roberts R. J., Vincze T., Posfai J., Macelis D. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2007. — Vol. 35 , no. Database issue . — P. D269—70 . — doi : . — .
  4. Primrose, Sandy B.; Old, R. W. Principles of gene manipulation: an introduction to genetic engineering (англ.) . — Oxford: Blackwell Scientific , 1994. — ISBN 0-632-03712-1 .
  5. Micklos, David A.; Bloom, Mark V.; Freyer, Greg A. (англ.) . — Menlo Park, Calif: Benjamin/Cummings Pub. Co, 1996. — ISBN 0-8053-3040-2 .
  6. Adrianne Massey; Helen Kreuzer. (англ.) . — Washington, D.C: (англ.) ( , 2001. — ISBN 1-55581-176-0 .
  7. Carroll, D. (2011) Genome engineering with zinc-finger nucleases. Genetics, 188(4), 773—782. doi :
  8. Fujii W, Kano K, Sugiura K, Naito K (2013) Repeatable Construction Method for Engineered Zinc Finger Nuclease Based on Overlap Extension PCR and TA-Cloning. PLoS ONE 8(3): e59801. doi :
  9. Zhu, C., Gupta, A., Hall, V. L. et al. & Wolfe, S. A. (2013). Using defined finger-finger interfaces as units of assembly for constructing zinc-finger nucleases. Nucleic acids research, 41(4), 2455-246541 doi : .
  10. Mussolino, C., & Cathomen, T. (2012). TALE nucleases: tailored genome engineering made easy. Current Opinion in Biotechnology, 23(5), 644—650 doi :
  11. Beumer, K. J., Trautman, J. K., Christian, M.,et al. & Carroll, D. (2013). Comparing Zinc Finger Nucleases and Transcription Activator-Like Effector Nucleases for Gene Targeting in Drosophila. G3: Genes| Genomes| Genetics, 3(10), 1717—1725 doi :
  12. Sun, N., & Zhao, H. (2013). Transcription activator‐like effector nucleases (TALENs): A highly efficient and versatile tool for genome editing. Biotechnology and bioengineering, 110(7), 1811—1821 doi :
  13. Zhang Z, Zhang S, Huang X, Orwig KE, Sheng Y (2013) Rapid Assembly of Customized TALENs into Multiple Delivery Systems. PLoS ONE 8(11): e80281. doi :
  14. Cho, S. W., Kim, S., Kim, J. M., & Kim, J. S. (2013). Targeted genome engineering in human cells with the Cas9 RNA-guided endonuclease. Nature biotechnology, 31, 230—232. doi :
  15. Hsu, P. D., Scott, D. A., Weinstein, J. A.,et al. & Zhang, F. (2013) DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases. Nature biotechnology, 31(9), 827—832. doi :
  16. Golic, K. G. (2013) RNA-Guided Nucleases: A New Era for Engineering the Genomes of Model and Nonmodel Organisms. Genetics, 195(2), 303—308. doi :
  17. Ran, F. A., Hsu, P. D., Wright, J., et al. & Zhang, F. (2013). Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system. Nature protocols, 8(11), 2281—2308 doi :
  18. Giedrius Gasiunas, Virginijus Siksnys (2013) от 5 декабря 2013 на Wayback Machine Trends in Microbiology, 21(11), 562—567, doi :
  19. Luhan Yang, Prashant Mali, Caroline Kim-Kiselak, and George Church (2014) CRISPR-Cas Mediated Targeted Genome Editing in Human Cells. In: Gene Correction. Methods and Protocols. Series: Methods in Molecular Biology, Vol. 1114 Storici, Francesca (Ed.) ISBN 978-1-62703-760-0
  20. Uri Ben-David (2013) от 17 ноября 2015 на Wayback Machine Molecular and Cellular Therapies 2013, 1:3 doi :
  21. Neena K. Pyzocha, F. Ann Ran, Patrick D. Hsu, and Feng Zhang (2014) RNA-Guided Genome Editing of Mammalian Cells. In: Gene Correction. Methods and Protocols. Series: Methods in Molecular Biology, Vol. 1114 Storici, Francesca (Ed.) ISBN 978-1-62703-760-0
  22. Li, M., Suzuki, K., Kim, N. Y., Liu, G. H., & Belmonte, J. C. I. (2013). A cut above the rest: targeted genome editing technologies in human pluripotent stem cells. Journal of Biological Chemistry, jbc-R113. doi :
  23. Slaymaker, I. M., Gao, L., Zetsche, B., Scott, D. A., Yan, W. X., & Zhang, F. Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity (англ.) // Science : journal. — 2016. — Vol. 351 , no. 6268 . — P. 84—88 . — doi : .
  24. Kleinstiver B. P., Pattanayak V., Prew M. S., , & J. Keith Joung et al. High-fidelity CRISPR–Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects (англ.) // Nature : journal. — 2016. — doi : .
  25. Makoto Saito, Peiyu Xu, Guilhem Faure, Samantha Maguire, Soumya Kannan, Han Altae-Tran, Sam Vo, AnAn Desimone, Rhiannon K. Macrae, Feng Zhang. (англ.) // Nature. — 2023-08. — Vol. 620 , iss. 7974 . — P. 660–668 . — ISSN . — doi : . 29 июня 2023 года.
Источник —

brigid
  • 2021-02-17
  • 1
  • Tags:

Same as Эндонуклеазы рестрикции

The title for the last searches