Interested Article - Последовательность Шайна — Дальгарно

Последовательность Шайна — Дальгарно ( англ. Shine-Dalgarno sequence, Shine-Dalgarno box ) — сайт связывания рибосом на молекуле мРНК прокариот , обычно на расстоянии около 10 нуклеотидов до стартового кодона AUG . Описана австралийскими учёными Джоном Шайном и .

Консенсусом является последовательность из шести нуклеотидов AGGAGG ; в случае E. coli последовательность Шайна — Дальгарно — AGGAGGU . Комплементарная последовательность CCUCCU , называемая последовательностью анти-Шайна — Дальгарно, располагается на 3'-конце молекулы 16S рибосомной РНК . Комплементарное взаимодействие между последовательностями Шайна — Дальгарно и анти-Шайна — Дальгарно служит для помещения старт-кодона мРНК в P-сайт рибосомы для начала биосинтеза белка.

Мутации в последовательности Шайна — Дальгарно снижают эффективность трансляции . Это обусловлено снижением эффективности образования комплекса «мРНК — 30 S -рибосомная субъединица». Показано, что комплементарные мутации в последовательности анти-Шайна — Дальгарно обеспечивают восстановление эффективности трансляции.

В момент образования комплекса последовательности Шайна — Дальгарно и анти-Шайна — Дальгарно, с 30S-рибосомной субъединицей связываются и факторы инициации трансляции IF2-GTP, IF1, IF3, а также инициаторная - тРНК ( ). К образовавшемуся преинициаторному комплексу затем присоединяется 50S-рибосомная субъединица.

Белок S1 рибосом грамотрицательных бактерий

У грамотрицательных бактерий наличие последовательности Шайна — Дальгарно не является обязательным для распознавания старт-кодона . Например, показано, что делеция последовательности Шайна — Дальгарно из 16S рРНК не приводит к инициации трансляции по неправильным сайтам. Более того, некоторые мРНК прокариот вообще не содержат последовательности Шайна — Дальгарно. По-видимому, рибосомный белок S1 связывается с AU -богатыми последовательностями, которые находятся на расстоянии 15-30 нуклеотидов до стартового кодона.

См. также

Консенсусная последовательность Козак

Примечания

Kapp L. D., Lorsch J. R. The molecular mechanics of eukaryotic translation // Annual Review of Biochemistry 73/2004, 657—704
Shine J., Dalgarno L. Determinant of cistron specificity in bacterial ribosomes // Nature. — 1975. — Vol. 254, № 5495 . — P. 34–8. — doi : . — .
Noller H. F. Structure of the bacterial ribosome and some implications for translational regulation // Translational Control in Biology and Medicine / Edited by N. Sonenberg, J. W. B. Hershey and M. B. Mathews. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 2007. P. 41-58
Benelli D., Londei P. Begin at the beginning: evolution of translational initiation // Research in Microbiology 160, 2009, 493—501