Фагосома , или пищеварительная вакуоль , — вакуоль , образующаяся в процессе фагоцитоза , внутри которой находятся субстраты , подлежащие перевариванию.

У простейших крупные частицы захватываются в фагоцитарные вакуоли, которые сливаются с лизосомами . Продукты переваривания проникают в цитозоль и используются в качестве пищи. У многоклеточных организмов большинство клеток не способно эффективно поглощать крупные частицы. Для этой цели существуют фагоциты — специальные клетки, осуществляющие фагоцитоз. Фагосомы в фагоцитах так же, как у простейших, сливаются с первичными лизосомами и формируют вторичные лизосомы, в которых захваченный материал деградирует. Непереваренные вещества остаются во вторичных лизосомах, образуя остаточные тельца. Случайный или обусловленный рецепторами контакт микробной клетки с фагоцитом ( макрофагом , нейтрофилом) приводит к образованию выростов мембраны — псевдоподий , окружающих чужеродную клетку, и формированию вакуоли — фагосомы. Фагосома погружается в клетку, где после слияния с лизосомами образует фаголизосому.