Interested Article - Гликозил-гидролазы

Модель молекулы гликозидазы с пространственной структурой в виде (β/α) 8 -бочонка
Модель молекулы гликозидазы с пространственной структурой в виде шести-лопастного β-пропеллера

Гликозил-гидролазы (или гликозидазы ) катализируют гидролиз гликозидных связей в молекулах углеводов , приводя к появлению двух более мелких молекул углеводов. Эти ферменты встречаются в клетках почти всех живых организмов . Гликозидазы выполняют множество разнообразных функций : деградация биомассы (например, целлюлозы и гемицеллюлозы ), участие в антибактериальной защите организма (например, лизоцим ), развитие патогенеза (например, вирусные нейраминидазы ), клеточный биосинтез (например, , вовлечённые в созревание N -гликозилированных гликопротеинов ). Гликозидазы вместе с гликозилтрансферазами образуют основу биологического аппарата синтеза и разрушения гликозидных связей.

Классификация

Гликозил-гидролазы объединены в КФ 3.2.1 как ферменты, катализирующие гидролиз O - или S - гликозидов . Все гликозидазы имеют номера КФ 3.2.1.x, при этом x может быть от 1 до 165 в зависимости от субстратной специфичности фермента. На основе молекулярного механизма катализируемой ими реакции гликозидазы могут быть разбиты на две группы. Представители одной из них обращают (inverting), а другой — сохраняют (retaining) путём двойного обращения аномерную конфигурацию субстрата у продукта реакции гидролиза . Гликозил-гидролазы также могут быть классифицированы как экзо- или эндо-действующие, в зависимости от того, действуют ли они соответственно на концевой или внутренний моносахаридный остаток в углеводной цепи. Более современные классификации гликозил-гидролаз основаны на сравнении их аминокислотных последовательностей. Такие классификации обладают большой предсказательной силой в отношении возможных биохимических активностей неисследованных ферментов с недавно определёнными последовательностями. Впервые классификация всех известных на тот момент последовательностей гликозидаз была предложена в 1991 году . Близкородственные белки было предложено группировать в семейства. Впоследствии эволюционно родственные семейства стали объединять на более высоком иерархическом уровне в кланы . Такая двухуровневая классификация в настоящее время доступна на сайте

Недавние исследования позволили на основе двухуровневой классификации создать многоуровневую ( иерархическую ) классификацию гликозил-гидролаз и их гомологов :

Номенклатура

Большинство гликозил-гидролаз получили свои названия по основному субстрату. Наряду с этими названиями часто также используются и названия, данные по отщепляемому углеводному остатку. Для ряда гликозил-гидролаз применяются тривиальные названия. Ниже для примера приведены названия некоторых гликозидаз и соответствующие К. Ф. номера:

Примечания

  1. Sinnott, M. L. Chem. Rev. 1990, 90 , 1171—1202.
  2. Henrissat, B. Biochem. J. 1991, 280 , 309—316.
  3. Henrissat, B., Bairoch, A. Biochem. J. 1996, 316 , 695—696.
  4. Дата обращения: 17 января 2007. 7 октября 2006 года.
  5. Дата обращения: 9 июня 2011. 31 декабря 2013 года.
Источник —

Same as Гликозил-гидролазы