Interested Article - Молекулярный редактор

Молекуля́рный реда́ктор — специализированная компьютерная программа , позволяющая вводить, редактировать и выводить на внешние носители информации (на бумагу, на экран) информацию о составе и структуре молекул веществ.

Kalzium 2.4 в Edubuntu 12.04

Для работы с химическими документами в большинстве случаев невозможно использовать только текстовые или графические редакторы общего назначения . Редактирование текстов, содержащих химическую информацию, требует использования специализированных программных инструментов.

Общий подход к созданию интерфейса химических редакторов заключается в том, что химические формулы собираются по принципу конструктора из структурных элементов ( ароматические кольца , символы химической связи , стрелки и т.п.). Формула и отдельные её фрагменты могут быть модифицированы (вставка необходимых символов, изменение размера или ориентации на плоскости).

Как правило, химические редакторы снабжаются комплектами заготовок сложных формул и рисунков(шаблонов), наиболее часто употребляемых в работе ( аминокислоты , пептиды , углеводы , стереоизомеры , нуклеотиды , лабораторное оборудование ). Многие снабжены модулями по именованию соединений в соответствии с номенклатурой .

Химические редакторы позволяют выполнять следующие функции:

  • создавать на экране химические структурные формулы, схемы реакций, лабораторные установки;
  • конструировать объемные молекулярные модели и выполнять манипуляции с ними (увеличение или уменьшение моделей, вращение и перемещение их и т.д.);
  • рассчитывать энергетические и пространственные параметры системы (распределение электронной плотности, энергию и длину связей, валентные углы и т.п.);
  • рассчитывать энергию молекулы в стационарном и возбужденных состояниях на основе классической механической модели осциллирующих атомов;
  • рассчитывать другие молекулярные характеристики и вероятность пути прохождения химических реакций.
Представители молекулярных редакторов:
Программа ОС Лицензия
ChemDraw Windows , Mac OS Проприетарная
ACD/ChemSketch Windows( 64-bit ) Проприетарная
XDrawChem Кроссплатформенный GPL
BKchem Кроссплатформенный GPL
JChemPaint Кроссплатформенный LGPL
Jmol Кроссплатформенный LGPL
Avogadro GPL

Литература

  • Наумов А.Р., Молчанова И.И. Основы эффективной работы с графическим редактором структурных химических формул ISIS/Draw. Практическое пособие - Кострома: КГУ им. Н. А. Некрасова, 2004. - 108 с. - ISBN 5-7591-0588-4
  • Zhenjiang Li, Honggui Wan, Yuhu Shi, and Pingkai Ouyang. . — ACD Publications, 2004.

Примечания

  1. . www.acdlabs.com . Дата обращения: 5 февраля 2021. 11 января 2021 года.
  2. (англ.) . SourceForge . Дата обращения: 5 февраля 2021. 1 февраля 2022 года.
  3. . bkchem.zirael.org . Дата обращения: 5 февраля 2021. 23 мая 2021 года.
Источник —

Same as Молекулярный редактор