В 1870 году с учреждением Болгарского экзархата вошла в его состав. Территория Самоковской епархии охватывала земли вокруг городов
Самоков
,
Горна Джумая
,
Крупник
и
Разлог
. В 1878 году из состава епархии была отделена Горноджумайская
, присоединённая к Мелнишской епархии Константинопольского патриархата.
Согласно уставу Экзархата от 1871 года несколько епархий должны быть упразднены после смерти их титулярных митрополитов. После смерти митрополита Кюстендильского Илариона в 1884 году была расформирована Кюстендильская епархия, а в 1907 году после смерти митрополита Самоковского
Досифея (Стойчева)
упразднена и Самоковская епархия. Её территория отошла
Софийской епархии
.
Митрополиты
Печская патриархия
Иоасаф (упом. 1578)
Ананий (упом. XVI—XVII)
Висарион (упом. 1683)
(упом. 1703—1706)
Виссарион II (споменава се след 1715 г.)
Кирилл (упом. 1725)
Ефрем (упом. 1732
; починал на 04.04.173? г.
)
(упом. 1734
— 21 августа 1737
)
Мелетий (упом. 1744 г.
)
Анфим
Серафим
(упом. 1753
— 16 апреля 1778
)
Константинопольский патриархат
(апрель 1778—1819)
(избран през май 1819, преместен през 1826 г.)
(избран през юли 1826, убит от един луд на 9.06.1829 г.)
(избран през юни 1829, заточен в Трапезунд през 1837 г.)
(неопр.)
. Дата обращения: 20 июля 2015.
10 августа 2020 года.
Стојановић, Љ. Стари српски записи и натписи. T. 1-6, II изд. Београд, 1982—1988, № 5738-5740, 5747
Стојановић, № 5780
Стојановић, № 2549
Стојановић, № 5775
Стојановић, № 2709, 2712, 7735
Б. Христова, Д. Караджова, Е. Узунова. Бележки на българските книжовници X—XVIII век. Т.1-2. С., 2003—2004, № 375
Γερμανός, μιτρ. Σάρδεων. Επισκοπικοί κατάλογοι των επαρχιών της βορείου Θράκης και εν γένει της Βουλγαρίας από της Αλώσεως και εξής. — Θρακικά, 8, 1937, σ. 160
Стојановић, № 5884
Γερμανός, σ. 160; Даскалов, Д. Самоковският митрополит Филотей. — Църковен вестник, 1958, № 38 (1 ноември)