Первая епархия
Pax Iulia
была основана в Бежи в IV веке. Из-за арабского вторжения в Португалию епархия
Pax Iulia
прекратила своё существование в 754 году.
В 1834 году после законов, принятых португальским министром Жоакимом Антониу де Аквира, кафедра епархии Бежи оставалась вакантной в течение следующих одиннадцати лет.
Провозглашение Португальской республики
5 октября
1910 года
привело к антиклерикальным настроениям, по причине которых были закрыты все церкви в епархии Бежи. Епископ нашёл убежище в
Севилье
, позднее переправившись в
Рим
. Епархией в это время управлял до 1922 года генеральный епископский викарий.
В 1924 году ситуация в Бежи стабилизировалась и епископ Патросиниу Диаш начал строительство в городе Бежа храмов.
4 июля
1937 года
был восстановлен собор святого Иакова. 13 октября 1940 года была открыта новая семинария.
Ординарии епархии
епископ Мануэл ду Сенакулу Вилаш Боаш (5.03.1770 — 3.03.1802) — назначен
архиепископом Эворы
;
епископ Франсишку Лейтан де Карвалью (9.08.1802 — 21.09.1806);
епископ Жуакин ду Розариу Виейра (3.08.1807 — 8.09.1808);
епископ Луиш да Кунья де Абреу-и-Мелу (28.08.1820 — 9.08.1833);