Interested Article - Шифр КФ
- 2020-12-08
- 1
Шифр КФ («классификация ферментов»), или код фермента — классификационный номер фермента по международной иерархической классификации. Принятая система классифицирует ферменты по группам и индексирует индивидуальные ферменты, что важно для стандартизации исследований.
Классификация ферментов основана и периодически обновляется Комиссией по ферментам ( англ. Enzyme commission , отсюда термин «EC number», принятый в англоязычной литературе) при . Каждый шифр КФ ассоциирован также с рекомендованным названием соответствующего фермента. Классифицировано более 3500 ферментов.
Принцип классификации
Классификация ферментов учитывает реакционную и субстратную специфичности ферментов, а не их белковую структуру. Шифр КФ определяет химическую реакцию , катализируемую ферментом. По этой причине аналогичные ферменты (иногда десятки) из различных организмов имеют один КФ, несмотря на структурные различия.
Иногда различные ферменты одного организма имеют один КФ. Например, панкреатическая липаза и печёночная липаза обе принадлежат к КФ , поскольку катализируют одну и ту же химическую реакцию ( гидролиз в триглицериде ), хотя первый фермент является ферментом пищеварения и работает в кишечнике , а второй относится к ферментам обмена липопротеинов в крови .
Существует база данных UniProt , которая идентифицирует каждый белок по его первичной последовательности. Обе базы данных дополняют друг друга.
Формат шифра
Каждый классификационный номер содержит сокращение КФ и последовательность из четырёх чисел, разделённых точками, и составляется по определенному принципу. Каждое последующее число представляет собой всё более и более уточняющую классификацию фермента. Так как база данных постоянно обновляется, коды могут меняться, причём коды некоторых уровней могут оставаться незаполненными.
Класс
- Код первого уровня ( первое число , может быть от 1 до 7) указывает номер одного из семи главных классов ферментов (см. таблицу Коды первого уровня ).
Подкласс
- Код второго уровня ( второе число ) означает подкласс, характеризующий основные виды субстратов , участвующих в данном типе химических реакций. Например, у трансфераз вторая цифра указывает на природу той группы, которая подвергается переносу, у гидролаз — на тип гидролизуемой связи и т. д.
Под-подкласс
- Код третьего уровня ( третье число ) определяет более частные подгруппы (под-подклассы), отличающиеся природой химических соединений доноров или акцепторов , участвующих в данной подгруппе реакций. У гидролаз , например, эта цифра уточняет тип гидролизуемой связи, а у лиаз — тип отщепляемой группы и т. д. Первые 3 числа шифра точно определяют тип фермента.
Код четвёртого уровня
Наконец, все ферменты, относящиеся к данному под-подклассу, получают свой порядковый номер ( четвёртое число в шифре).
- Например, глюкозоксидазе присвоен шифр КФ , что означает:
- КФ 1 — Оксидоредуктазы
- КФ 1.1 —
- КФ 1.1.3 — Оксидоредуктазы, окисляющие группу CH-OH и восстанавливающие кислород .
- КФ 1.1.3.4 — Оксидоредуктазы, окисляющие глюкозу в присутствии кислорода . Всего известно 3 глюкозоксидазы из разных организмов.
Коды первого уровня
Класс | Катализируемая реакция | Тип реакции | Примеры |
---|---|---|---|
КФ 1
Оксидоредуктазы |
Окислительно-восстановительные реакции. Перенос атомов H и O или электронов от одного субстрата на другой |
AH + B → A + BH (
восстановление
)
A + O → AO ( окисление ) |
дегидрогеназа , оксидаза |
КФ 2
Трансферазы |
Перенос функциональной группы от одного субстрата на другой. Это может быть метильная, ацильная, фосфатная группа или аминогруппа. | AB + C → A + BC | аминотрансфераза , киназы |
КФ 3
Гидролазы |
Образование двух продуктов из одного субстрата в результате гидролиза . | AB + H 2 O → AOH + BH | липаза , амилаза , протеаза , фосфатаза |
КФ 4
Лиазы (синтазы) |
Негидролитическое добавление или удаление группы к или от субстрата. Образование C-C, C-N, C-O или C-S связи. | RCOCOOH → RCOH + CO 2 | карбоксилазы |
КФ 5
Изомеразы |
Внутримолекулярная перестановка, то есть изомеризация молекулы субстрата. | AB → BA | изомеразы , и др. |
КФ 6
Лигазы (синтетазы) |
Соединение двух молекул в результате синтеза новой C-O, C-S, C-N или C-C связи , сопряжённое с одновременным гидролизом АТФ . | X + Y+ ATP → XY + ADP + P i | синтетазы |
КФ 7 | Перенос ионов или молекул через мембраны или их разделение в мембранах. | мембранные транспортные белки |
История
Схема номенклатуры ферментов была впервые разработана в 1955 году , когда Международный конгресс биохимии в Брюсселе учредил Комиссию по ферментам ( Enzyme Commission ). Первая версия номенклатуры появилась в 1961 году и включала около 900 ферментов, в версии 1978 года было более 2000 ферментов. Версия 1995 года содержит более 3500 ферментов.
См. также
Примечания
- . ExPASy. Дата обращения: 14 марта 2006. Архивировано из 18 февраля 2006 года.
- Международный союз биохимии и молекулярной биологии. IUBMB NEWS (август 2018). Дата обращения: 14 ноября 2018. 14 ноября 2018 года.
Ссылки
- 2020-12-08
- 1