Отец — Игорь Николаевич Лебедев, офицер-пограничник; затем — инженер, начальник цеха на заводе «Электроточприбор» НПО «Волна» в г. Кишинёве. Происходит из семьи потомственных врачей (его предки проживали в Рязанской губернии, в г. Спасск и являлись почётными гражданами города; имя Николай передавалось по наследству: так, дед, дядя, прадед, прапрадед Николая Лебедева носили имя Николай Николаевич Лебедев). Мать — Елена Алексеевна Лебедева, экономист, происходит из семьи донских казаков.
С детства хотел стать кинорежиссёром. Свой первый фильм снял в 10 лет на кинокамеру, одолженную отцом у приятеля. Убедившись, что сын всерьёз увлечён кино, родители подарили ему восьмимиллиметровую камеру «Ломо».
Учился в Кишиневском университете на факультете журналистики (во время учёбы работал штатным сотрудником в молодёжной прессе в качестве журналиста и заместителя ответственного секретаря и на Молдавском телевидении как автор и ведущий молодёжных программ, а также программ о кино), а затем перевелся на факультет журналистики в
МГУ им. Ломоносова
, который окончил в 1991 году. В 1993 году окончил сценарно-киноведческий факультет
ВГИКа
им. Герасимова (мастерская В. Утилова). Дипломную работу снимал по
Хичкоку
.
В 1995—1996 годах был режиссёром и сценаристом детской телепрограммы «
Улица Сезам
» (НТВ, ОРТ).
В 2018 году стал куратором режиссёрского курса в Высшей школе кино «Арка» при
Высшей школе экономики
.
Жена (с 1990 года) — Ирина Лебедева, экономист, работала в кинопроизводстве. Падчерица — Светлана; внучка — Анастасия снялась в двух фильмах Н. Лебедева («Волкодав» и «Легенда №17»).
По словам Николая Лебедева сценарий, раскадровки и режиссёрские экспликации фильма «
Мастер и Маргарита
» были полностью готовы ещё в марте 2018
, тогда датой выхода назывался 2021 год
. Однако, в октябре 2019 года он сообщил, что проект ещё только формируется, и к подготовительной фазе съёмок можно будет приступать через год в лучшем случае
.