Interested Article - Система органического мира

Систе́ма органи́ческого ми́ра — это систематическое описание всех существующих в настоящее время и существовавших ранее организмов .

Мир живых существ насчитывает несколько миллионов видов . Всё это многообразие организмов изучает биологическая систематика , основной задачей которой является построение системы органического мира .

Бесклеточные

Совокупность живых организмов , не имеющих . «Бесклеточные» часто употребляют как синоним вирусов . Термин вошёл в употребление после открытия в 2003 году мимивируса , самого сложного из известных на сегодняшний момент вирусов, который, возможно, эволюционировал из клеточной формы жизни. Помимо вирусов, к бесклеточным иногда относят вироиды , вирусоиды , а также , не имеющие собственного генома , зашифрованного в ДНК или РНК (например, прионы ).

Вирусы

Неклеточный инфекционный агент, который может воспроизводиться только внутри живых клеток . Вирусы поражают все типы организмов , от растений и животных до бактерий и архей (вирусы бактерий обычно называют бактериофагами ). Обнаружены также вирусы, поражающие другие вирусы ( вирусы-сателлиты ).

Классификация по Балтимору

Лауреат Нобелевской премии биолог Дейвид Балтимор разработал классификацию вирусов по Балтимору . Классификация ICTV в настоящее время объединяется с классификацией по Балтимору, составляя современную систему классификации вирусов . Эта система включает в себя семь основных групп :

(I) Вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК и не имеющие РНК-стадии (например, герпесвирусы , поксвирусы , паповавирусы , мимивирус ).
(II) Вирусы, содержащие одноцепочечную молекулу ДНК (например, парвовирусы ). В этом случае ДНК всегда положительной полярности.
(III) Вирусы, содержащие двуцепочечную РНК (например, ротавирусы ).
(IV) Вирусы, содержащие одноцепочечную молекулу РНК положительной полярности (например, пикорнавирусы , флавивирусы ).
(V) Вирусы, содержащие одноцепочечную молекулу РНК негативной или двойной полярности (например, ортомиксовирусы , филовирусы ).
(VI) Вирусы, содержащие одноцепочечную положительную молекулу РНК и имеющие в своем жизненном цикле стадию синтеза ДНК на матрице РНК, ретровирусы (например, ВИЧ ).
(VII) Вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК и имеющие в своём жизненном цикле стадию синтеза ДНК на матрице РНК, ретроидные вирусы (например, вирус гепатита B ) .

Вироиды

Патогены растений, которые состоят из короткого фрагмента (несколько сотен нуклеотидов ) высококомплементарной , кольцевой, одноцепочечной РНК , не покрытой белковой оболочкой , характерной для вирусов . Самые малые вироиды (малые цитоплазматические РНК) вируса жёлтой крапчатости риса ( англ. RYMV, rice yellow mottle sobemovirus ) имеют длину всего 220 нуклеотидов. Для сравнения: геном самого маленького известного вируса, способного вызывать инфекцию, имеет размер около 2000 оснований. Вироиды были открыты и названы в 1971 году Теодором О. Динером .

Клеточные

Прокариоты

Одноклеточные живые организмы , не обладающие (в отличие от эукариот ) оформленным клеточным ядром и другими внутренними мембранными органоидами (за исключением плоских цистерн у фотосинтезирующих видов, например, у цианобактерий ). Для клеток прокариот характерно отсутствие ядерной оболочки , ДНК упакована без участия гистонов . Тип питания осмотрофный . Единственная крупная кольцевая (у некоторых видов — линейная) двухцепочечная молекула ДНК , в которой содержится основная часть генетического материала клетки (так называемый нуклеоид ) не образует комплекса с белками- гистонами (так называемого хроматина ). К прокариотам относятся бактерии , в том числе цианобактерии (синезелёные водоросли), и археи . Потомками прокариотических клеток являются органеллы эукариотических клеток — митохондрии и пластиды . Прокариоты разделяют на два таксона в ранге домена (надцарства): Бактерии ( Bacteria ) и Археи ( Archaea ) .

Археи

Археи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, не имеющие ядра , а также каких-либо мембранных органелл . В настоящее время археи подразделяют на 5 типов . Из этих групп наиболее изученными являются кренархеоты ( лат. Crenarchaeota ) и эвриархеоты ( лат. Euryarchaeota ). Классифицировать археи по-прежнему сложно, так как подавляющее большинство из них никогда не выращивались в лабораторных условиях и были идентифицированы только по анализу нуклеиновых кислот из проб, полученных из мест их обитания. Большая часть архей — хемоавтотрофы . Они используют значительно больше источников энергии , чем эукариоты: начиная от обыкновенных органических соединений , таких как сахара , и заканчивая аммиаком , ионами металлов и даже водородом . Солеустойчивые археи — галоархеи ( лат. Haloarchaea ) — используют в качестве источника энергии солнечный свет, другие виды архей фиксируют углерод , однако, в отличие от растений и цианобактерий (синезелёных водорослей), ни один вид архей не делает и то, и другое одновременно. Размножение у архей бесполое : бинарное деление , фрагментация и почкование . В отличие от бактерий и эукариот, ни один известный вид архей не формирует спор .

Бактерии

Домен (надцарство) прокариотных ( безъядерных ) микроорганизмов , чаще всего одноклеточных . К настоящему времени описано около десяти тысяч видов бактерий и предполагается, что их существует свыше миллиона, однако само применение понятия вида к бактериям сопряжено с рядом трудностей. Изучением бактерий занимается раздел микробиологии — бактериология . Наибольшую известность получила фенотипическая классификация бактерий, основанная на строении их клеточной стенки, включённая, в частности, в IX издание Определителя бактерий Берги ( 1984 — 1987 ). Крупнейшими таксономическими группами в ней стали 4 отдела: ( грамотрицательные ), Firmicutes ( грамположительные ), Tenericutes ( микоплазмы ; отдел с единственным классом Mollicutes ) и ( археи ).

Эукариоты

Домен (надцарство) живых организмов , клетки которых содержат ядра . Все организмы, кроме бактерий и архей , являются ядерными ( вирусы , вироиды и вирусоиды также не являются эукариотами, но не все биологи считают их живыми организмами). Животные , растения , грибы , а также группы организмов под общим названием протисты — все являются эукариотическими организмами. Они могут быть одноклеточными и многоклеточными , но все имеют общий план строения клеток. Считается, что все эти столь несхожие организмы имеют общее происхождение, поэтому группа ядерных рассматривается как монофилетический таксон наивысшего ранга. Согласно наиболее распространённым гипотезам, эукариоты появились 1,5-2 млрд лет назад. Важную роль в эволюции эукариот сыграл симбиогенез — симбиоз между эукариотической клеткой, видимо, уже имевшей ядро и способной к фагоцитозу , и поглощенными этой клеткой бактериями — предшественниками митохондрий и пластидов .

Амёбоподобные

Smirnov et al., 2005
Smirnov et al., 2005
Grell, 1966
Sawyer & Griffin, 1975
Cavalier-Smith, 1993
Goldschmidt, 1907
Goldschmidt, 1907
Eumycetozoa Zopf, 1884 emend. Olive, 1975 [Mycetozoa de Bary, 1873]

Opisthokonta

Обширная группа эукариот , включающая царства грибы и животные , а также некоторые эукариотические микроорганизмы, которые иногда объединяют в парафилетический тип Choanozoa (ряд исследователей предпочитает относить его к царству Протисты ( Protista ) или к царству Простейшие ( Protozoa ) , не принимаемым в качестве таксона в других классификациях). Все генетические и ультраструктурные исследования подтвердили монофилию данной группы.

Грибы

Царство живой природы, объединяющее эукариотические организмы , сочетающие в себе некоторые признаки, как растений , так и животных . Грибы изучает наука микология , которая считается разделом ботаники , поскольку ранее грибы относили к царству растений.

Базидиомицеты — Basidiomycota de Barry 1866, emend. Schaffer, 1975
Swann and Taylor, 1995
Ustilaginomycetes Bower, Oberw, and Vanky, 1997
Аскомицеты — Ascomycota Berkeley, 1857
Микроспоридии — Microsporidia Balbiani, 1882
Glomeromycota Schussler et al., 2001 [Glomales Morton and Benny, 1990; Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998]
Зигомицеты — Zygomycota Fischer, 1892, emend. Benny et al., 2001
Хитридиомицеты — Chytridiomycetes de Barry, 1863, emend. Cavalier-Smith, 1981

Mesomycetozoa

Choanomonada

Zhukov & Karpov, 1985 [Codonosigidae Kent, 1880]
Kent, 1880
Norris, 1965

Животные

Традиционно (со времён Аристотеля ) выделяемая категория организмов , в настоящее время рассматривается в качестве биологического царства . Животные являются основным объектом изучения зоологии .

Пластинчатые — Placozoa Grell, 1971
Губки — Porifera Grant, 1836 [Parazoa Sollas, 1884]
Эуметазои Animalia Linnaeus, 1758 emend. Adl et al., 2005 [Eumetazoa Butschli, 1910]

Rhizaria

Cercozoa

Poche, 1913 emend. Mylnikov, 1986
Adl et al., 2005 [Imbricatea Cavalier-Smith & Chao, 2003]
Хлорарахниофитовые водоросли ( Chlorarachniophyta Hibberd & Norris, 1984)
Phytomyxea Engler & Prantl, 1897 emend. Cavalier-Smith, 1993
Haeckel, 1879 [Tripylea Hertwig, 1879]
Cavalier-Smith, 1993

Haplosporidia

Foraminifera

Gromia

Радиолярии

Ehrenberg, 1838 emend. Haeckel, 1887
Hertwig, 1877 [Taxopodida Fol, 1883]
Acantharia Haeckel, 1881 emend. Mikrjukov, 2000

Archaeplastida

Безранговый таксон , объединяющий наиболее развитые отделы водорослей — зелёные , харовые , микроскопические глаукофитовые и вымершие нематофитовые водоросли . Иногда в группу архепластид включают пятый отдел — красные водоросли . Но если руководствоваться монофилией , то в группу архепластид нужно включить ещё и высшие растения . Зелёные водоросли — это самый большой отдел архепластид (13000 — 20000 видов ). Видов харовых водорослей меньше — 440. Видов нематофитовых водорослей ещё меньше — всего 10. Главкофитовые водоросли — самый маленький отдел архепластид, включает всего 4 вида .

Glaucophyta Skuja, 1954 [Glaucocystophyta Kies & Kremer, 1986]
Красные водоросли — Rhodophyceae Thuret, 1855 emend. Adl et al., 2005 [Rhodophyta Wettstein, 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand, 2004]
Chloroplastida Adl et al., 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith, 1981; Chlorobionta Jeffrey, 1982 emend. Lewis & McCourt, 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane, 1997]

Зелёные водоросли — Chlorophyta Pascher, 1914 emend. Lewis & McCourt, 2004

Fritsch, 1917

Cavalier-Smith, 1998 emend. Lewis and McCourt, 2004

Lauterborn, 1894 emend. McCourt in Adl et al., 2005 [Mesostigmata Turmel, Otis & Lemieux, 2002]

Charophyta Karol et al., 2001 emend. Lewis & McCourt, 2004 [Charophyceae Smith, 1938 emend. Mattox & Stewart, 1984]

Lewis & McCourt, 2004

Харовые водоросли — Charales Lindley, 1836 [Charophytae Engler, 1887]

Растения — Plantae Haeckel, 1866 [Cormophyta Endlicher, 1836; Embryophyta Endlicher, 1836 emend. Lewis & McCourt, 2004]

Chromalveolata Adl et al., 2005

Полифилетическая группа , одно из царств в системе Томаса Кавалир-Смита , предложенной в 1981 году ; ранее хромисты считались подцарством протистов . Это организмы, чьи клетки состоят из двух эукариотических клеток, одна из которой находится внутри другой и включает хлоропласт ; а также эволюционные потомки таких организмов, похожие на них, но утратившие внутреннего эукариотического симбионта . К этим организмам относятся некоторые водоросли (гетероконтные), опалины (крупные одноклеточные существа со жгутиками, обитающие в клоаке лягушки), а также некоторые организмы, ранее считавшиеся грибами.

Криптофитовые водоросли — Cryptophyceae Pascher 1913 emend. Schoenichen, 1925 [Cryptophyta Cavalier-Smith, 1986]

Pascher, 1913

Novarino & Lucas, 1993

Гаптофитовые водоросли — Haptophyta Hibberd, 1976 emend. Edvardsen & Eikrem, 2000

Cavalier-Smith, 1986 emend. Green & Medlin, 2000

Hibberd, 1976

Stramenopiles Patterson, 1989 emend. Adl et al., 2005

Opalinata Wenyon , 1926 emend. Adl et al., 2005 [Slopalinata Patterson, 1986]

Labyrinthulomycetes Dick, 2001

Hyphochytriales Sparrow 1960

Оомицеты — Peronosporomycetes Dick, 2001 [Oomycetes Winter, 1897 emend. Dick, 1976]

Claus, 1874 emend. Hartmann, 1926

Guillou & Chretiennot-Dinet, 1999 [Bolidophyceae Guillou et al., 1999]

Золотистые водоросли — Chrysophyceae Pascher, 1914

Silva, 1980

Hibberd, 1981

Andersen & Saunders, 1993

Andersen & Bailey in Bailey et al., 1998

Pinguiochrysidales Kawachi, Inouye, Honda, O’Kelly, Bailey, Bidigare & Andersen, 2003

Chadefaud, 1950 emend. Silva, 1980

Kawai, Maeba, Sasaki, Okuda & Henry, 2003

Andersen, 1987

Жёлто-зелёные водоросли — Xanthophyceae Allorge, 1930 emend. Fritsch, 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale, 1983; Xanthophyta Hibberd, 1990]

Бурые водоросли — Phaeophyceae Hansgirg, 1886

Диатомовые водоросли — Bacillariophyta Haeckel, 1878 [Diatomea Dumortier, 1821]

Альвеоляты Alveolata Cavalier-Smith, 1991

Динофлагелляты — Dinozoa Cavalier-Smith, 1981 emend. Adl et al., 2005

Споровики — Apicomplexa Levine, 1980 emend. Adl et al., 2005

Инфузории — Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Butschli, 1887]

Excavata Cavalier-Smith, 2002, emend. Simpson, 2003

Надтип простейших . К данной группе принадлежит множество разнообразных видов: свободно живущих, симбиотических и паразитических, в том числе некоторые важные виды паразитов человека.

Simpson, 2003

Cavalier-Smith, 1993

Дипломонады — Diplomonadida Wenyon, 1926 emend. Brugerolle et al., 1975

— Retortamonadida Grasse, 1952

Carpediemonas Ekebom, Patterson & Vors, 1996

O’Kelly & Nerad, 1999
Parabasalia Honigberg, 1973

Kirby, 1947 emend. Brugerolle & Patterson, 2001

Brugerolle & Patterson, 2001

Light, 1927

Poche, 1913

Simpson, 2003

— Oxymonadida Grasse, 1952

Kent 1880

— Jakobida Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al., 2005
— Heterolobosea Page & Blanton, 1985
Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981 emend. Simpson, 1997

Euglenida Butschli, 1884 emend. Simpson 1997

Cavalier-Smith, 1993 emend. Simpson, 1997

Кинетопластиды — Kinetoplastea Honigberg, 1963

См. также

Биологическая систематика

Примечания

[bse.sci-lib.com/article102627.html Статья «Система органического мира» в Большой советской энциклопедии]
↑ Temin H. M., Baltimore D. RNA-directed DNA synthesis and RNA tumor viruses (неопр.) // Adv. Virus Res.. — 1972. — Т. 17 . — С. 129—186 . — .
↑ Baltimore D. The strategy of RNA viruses (неопр.) // Harvey Lect.. — 1974. — Т. 70 Series . — С. 57—74 . — .
Mayo M. A. Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses (англ.) // (англ.) ( : journal. — 1999. — Vol. 144 , no. 8 . — P. 1659—1666 . — doi : . — .
de Villiers E. M., Fauquet C., Broker T. R., Bernard H. U., zur Hausen H. Classification of papillomaviruses (неопр.) // Virology. — 2004. — Т. 324 , № 1 . — С. 17—27 . — doi : . — .
. Дата обращения: 30 мая 2013. 28 апреля 2013 года.
от 6 июля 2007 на Wayback Machine Tracking the Elusive Viroid
Woese C.R., Kandler O., Wheelis M.L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1990. — Т. 87 . — С. 4576—4579 . 9 июля 2008 года.
Shipunov A. B. . // Protistology , 2009, 6 (1). — P. 3—13.
Ruggiero M. A., Gordon D. P., Orrell T. M., Bailly N., Bourgoin T., Brusca R. C., Cavalier-Smith T. , Guiry M. D., Kirk P. M. // PLoS ONE , 2015, 10 (4): e0119248. — doi : .
Ruggiero M. A., Gordon D. P., Orrell T. M., Bailly N., Bourgoin T., Brusca R. C., Cavalier-Smith T. , Guiry M. D., Kirk P. M. // PLoS ONE , 2015, 10 (6): e0130114. — doi : .
Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, and Laura A Katz. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2006. — December ( vol. 2 , no. 12 ). — P. e220 . — doi : . — . — PMC . 12 сентября 2019 года.
Cavalier-Smith T., Allsopp M. T., Chao E. E. Chimeric conundra: are nucleomorphs and chromists monophyletic or polyphyletic? (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1994. — November ( vol. 91 , no. 24 ). — P. 11368—11372 . — doi : . — . — PMC .
T. Cavalier-Smith. Eukaryote kingdoms: seven or nine? (англ.) // Biosystems : journal. — 1981. — Vol. 14 , no. 3—4 . — P. 461—481 . — doi : . — .

Литература

Пиневич А. В. Микробиология. Биология прокариотов: Учебник. В 3 т. Том 1., 2-изд., СПб., 2007.
Козо-Полянский Б. М. К модернизации системы растительного мира, «Труды Воронежского гос. университета», 1949, т. 15
Кусакин О. Г. , Старобогатов Я. И. К вопросу о наивысших таксономических категориях органического мира, в сборнике: Проблемы эволюции, в. 3, Новосиб., 1973
Мошковский Ш. Д. О природе простейших (Protozoa) и границах протозоологии, «Тр. Ленинградского общества естествоиспытателей», 1957, т. 73, в. 4
Иванов А. В., Происхождение многоклеточных животных, Л., 1968
Тахтаджян А. Л. Четыре царства органического мира, «Природа», 1973, № 2
Строение ДНК и положение организмов в системе. [Сб. ст.], М., 1972
Whittaker R. H., New concerts of the kingdoms of organisms, «Science», 1969, v. 163, № 3853
Dodson E. G., The kingdoms of organisms, «Systematic Zoology», 1971, v. 20, № 3
Leedale G. F., How many are the kingdoms of organisms, «Taxon», 1974, v. 23, № 23
Margulis L., The classification and evolution of prokaryotes and eukaryotes, в кн.: Handbook of genetics, v. 1,…, 1974.

Ссылки

на www.biolib.cz (англ.)
на www.catalogueoflife.org (англ.)
[bvi.rusf.ru/sista.htm Классификация по русским и латинским названиям] (страничка является любительской и не претендует на какую-либо степень научности)