Первое появление команды в верхних уровнях
системы футбольных лиг Германии
, а именно, южной группы
, произошло в 1956 году, когда она выиграла четвёртое место
и прошли на высший уровень через промоционный раунд плей-офф
. После окончания своего первого сезона в этой лиге в середине турнирной таблицы, сезон 1957/58 окончен, в двух очках позади местного противника
. Достижение было повторено в сезоне 1960/61, когда команда окончила чемпионат на втором месте, уступив только дублю «
Мюнхен 1860
»
.
Обе команды «Баварии» в
момент образования Бундеслиги
в 1963 году не смогли занять место, достаточное для попадания в желаемые дивизионы новосозданного чемпионата, и заняли место в
; для того, чтобы занять место в Любительской лиге «Бавария», необходимо было занимать место не ниже седьмого, а команда в итоге завершила выступление на четырнадцатом.
Путь дальше наверх занял у команды ещё четыре года. Год за годом команда улучшала свои позиции, пока, наконец, в сезоне 1966/67 года, команда завершила чемпионат на первом месте и вернулась в Баварскую лигу
. Команда начала выступления в этой лиге хорошо, в первый игровой сезон в Баварской лиге окончив выступления на четвёртом месте. Однако после этого последовала череда неудач и в 1971 году Бавария II вновь вылетает
.
На сей раз клубу потребовалось всего два года, чтобы вернуться на прежние позиции в третий дивизион страны, и очередная победа в чемпионате 1973 года позволила команде продвинуться вверх по системе лиг
.