Interested Article - Дезоксирибонуклеаза IV

tammi
  • 2020-08-29
  • 1

Дезоксирибонуклеаза IV (фаг-Т4 индуцируемая) ( Шифр КФ , эндодезоксирибонуклеаза IV (индуцируемая фагом Т4) , эндонуклеаза IV E. coli , эндодезоксирибонуклеаза , редоксиэндонуклеаза , дезоксрибоэндонуклеаза , эндонуклеаза Escherichia coli II , эндонуклеаза II , ДНК-аденин-трансфераза) — это вид эндонуклеазы , которая катализирует деградацию нуклеотидов в двухцепочечной ДНК , атакуя 5'-терминальный конец .

Дезоксирибонуклеаза IV представляет собой тип дезоксирибонуклеазы, которая функционирует в безнуклеотидных или апуриново-апиримидиновых сайтах ( ), когда клетка подвергается эксцизионной репарации нуклеотидов . Кроме того, эндонуклеаза IV имеет нескольких активностей, таких как AP-эндонуклеазная, 3'-диэстеразная, 3'-> 5'-экзонуклеазная и 3'-фосфатазная .

Эндонуклеаза IV кодируется геном denB бактериофага Т4, и её связывающая последовательность представляет собой 5'-dT || dCdAdCdTdTdC-3 '. Было обнаружено, что остаток серина 176 играет решающую роль в увеличении скорости гидролиза эндонуклеазой консенсусной последовательности, содержащей цитидин. Эндонуклеаза IV подпадает под структурно схожие элементы с эндонуклеазой I апиримидинка (APE1) .

Открытие

Дезоксирибонуклеаза IV была впервые выделена из тканей кролика в 1968 году, и её молекулярная масса составила 42000 дальтон . Было обнаружено, что этот фермент напоминает несколько микробных эндонуклеазных активностей обнаруженных в Escherichia coli , которые, по-видимому, необходимы для репарации и рекомбинации ДНК .

Структура

ДНКаза IV состоит из 185 аминокислотных остатков, а ионы магния действуют как кофактор. Ион двухвалентного металла, такой как Mg²⁺, действует как кофактор во время расщепления 5'-мононуклеотидов . Его бета-цилиндрическое ядро TIM окружено спиралями с тремя ионами металлов — либо тремя Zn 2+ , либо двумя Zn 2+ и одним Mn 2+ , которые играют решающую роль в AP эксцизионной репарации .

Ферментативная активность в клеточной среде и ДНК

70 % общей активности ДНКазы IV было обнаружено в цитоплазме, а 30 % — в ядрах клеток . В организме человека ДНКаза IV необходима для расщепления промежуточного продукта реакции, генерируемого смещением цепи матрицы во время заполнения пробелов .

Во время эндонуклеазной активности конформационные изменения в ДНК происходят таким образом, что за счет изгиба ДНК на 90 градусов обнажается безнуклеотидный сайт, что приводит к переворачиванию сахарного фрагмента в небольшой карман, который не образует пару оснований Уотсона-Крика .

См. также

Примечания

  1. ↑ "Structural and functional homology between mammalian DNase IV and the 5'-nuclease domain of Escherichia coli DNA polymerase I". The Journal of Biological Chemistry . 269 (46): 28535—8. November 1994. doi : . PMID .
  2. "Endonuclease II of E. coli. I. Isolation and purification". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 62 (3): 934—40. March 1969. Bibcode : . doi : . PMID .
  3. "Endonuclease II of Escherichia coli. Degradation of partially depurinated deoxyribonucleic acid". Biochemistry . 10 (26): 4986—93. December 1971. doi : . PMID .
  4. "Enzymatic breakage of deoxyribonucleic acid. I. Purification and properties of endonuclease II from T4 phage-infected Escherichia coli". The Journal of Biological Chemistry . 244 (22): 6182—91. November 1969. doi : . PMID .
  5. "Endonuclease II of Escherichia coli. II. Enzyme properties and studies on the degradation of alkylated and native deoxyribonucleic acid". The Journal of Biological Chemistry . 244 (21): 5879—89. November 1969. doi : . PMID .
  6. Kerins, Sinéad M. (January 2003). . Journal of Biological Chemistry . 278 (5): 3048—3054. doi : . ISSN .
  7. Hirano, N. (2007-11-29). "The Ser176 of T4 endonuclease IV is crucial for the restricted and polarized dC-specific cleavage of single-stranded DNA implicated in restriction of dC-containing DNA in host Escherichia coli". Nucleic Acids Research . 35 (20): 6692—6700. doi : . ISSN . PMID .
  8. "Deoxyribonuclease IV: a new exonuclease from mammalian tissues". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 62 (2): 597—603. February 1969. Bibcode : . doi : . PMID .
  9. Molecular biology of nucleases : [] . — 1995. — ISBN 978-0-8493-7658-0 .
  10. ↑ "The cutting edges in DNA repair, licensing, and fidelity: DNA and RNA repair nucleases sculpt DNA to measure twice, cut once". DNA Repair (англ.) . 19 : 95—107. 2014-07-01. doi : . ISSN . PMID .
  11. "Second pathway for completion of human DNA base excision-repair: reconstitution with purified proteins and requirement for DNase IV (FEN1)". The EMBO Journal . 16 (11): 3341—8. June 1997. doi : . PMID .

Ссылки

Источник —

tammi
  • 2020-08-29
  • 1
  • Tags:

Same as Дезоксирибонуклеаза IV

The title for the last searches