Interested Article - Эухроматин
- 2020-10-19
- 1
Эухромати́н , также активный или «открытый хромати́н» — участки хроматина , которые представляет собой неплотную и легко упакованную форму ( ДНК , РНК и белки), обогащённую генами и часто (но не всегда) находящуюся в состоянии активной транскрипции . Эухроматин отличается от гетерохроматина , который плотно упакован и менее доступен для транскрипции. Около 92 % генома человека является эухроматичным .
У эукариот эухроматин представляет собой наиболее активную часть генома в клеточном ядре . У прокариот эухроматин является единственной формой хроматина; это указывает на то, что гетерохроматиновая структура развилась позже вместе с ядром, возможно, как механизм, позволяющий справиться с увеличением размера генома.
Структура
Эухроматин состоит из повторяющихся нуклеопротеидных субъединиц, известных как нуклеосомы , напоминающие развёрнутый набор бусин на нитке, диаметром около 11 нм . В основе этих нуклеосом находится набор из четырёх пар белков- гистонов : H3, H4, H2A и H2B . Каждый оснóвный гистоновый белок имеет "хвостовую" структуру, которая может изменяться несколькими способами; считается, что эти вариации действуют как "главные переключатели управления" через различные состояния метилирования и ацетилирования, которые определяют общее расположение хроматина . Вокруг гистоновых октамеров намотано около 147 пар оснований ДНК , что составляет чуть меньше 2 витков спирали . Нуклеосомы вдоль нити связаны между собой гистоном H1 и коротким участком открытой линкерной ДНК, составляющим около 0-80 пар оснований. Ключевое различие между структурой эухроматина и гетерохроматина заключается в том, что нуклеосомы в эухроматине расположены гораздо шире, что обеспечивает более лёгкий доступ различных белковых комплексов ( транскрипционных факторов ) к нити ДНК и тем самым повышает транскрипцию генов .
Визуализация
Эухроматин при большом увеличении напоминает набор бусинок на нитке . С более дальнего расстояния он может напоминать клубок запутанных ниток, как, например, на некоторых изображениях, полученных с помощью электронного микроскопа . Как при оптической, так и при электронной микроскопии эухроматин выглядит светлее, чем гетерохроматин, который также присутствует в ядре и выглядит тёмным , из-за его менее компактной структуры . При визуализации хромосом , например, на кариограмме, для окрашивания используется цитогенетическое окрашивание. Цитогенетическое окрашивание позволяет нам увидеть, какие части хромосомы состоят из эухроматина или гетерохроматина, чтобы дифференцировать хромосомные участки, нарушения или перестройки . Одним из таких примеров является G-бэндинг, иначе известное как окрашивание по Гимзе, при котором эухроматин кажется светлее, чем гетерохроматин .
Окрашивание по Гимзе (G-) бэндинг | Реверсивное или обратное окрашивание (R-) бэндинг | Конститутивный гетерохроматин (C-) бэндинг | Акрихиновое окрашивание (Q-) бэндинг | Теломерное окрашивание (T-) бэндинг | |
---|---|---|---|---|---|
Эухроматин | Светлее | Темнее | Светлее | Тусклее | Светлее |
Гетерохроматин | Темнее | Светлее | Темнее | Ярче (флуоресцентное свечение) | Темнее (слабо отчётливо) |
Выполняемые функции
Транскрипция
Эухроматин участвует в активной транскрипции ДНК в молекулы мРНК . Развёрнутая структура эухроматина позволяет белкам генной регуляции и комплексам РНК-полимеразы связываться с последовательностью ДНК, что может инициировать процесс транскрипции . Хотя не весь эухроматин обязательно транскрибируемый, поскольку он разделён на транскрипционно активные и неактивные домены , эухроматин всё же обычно ассоциируется с активной транскрипцией генов. Поэтому существует прямая связь между тем, насколько активно продуктивна клетка, и количеством эухроматина, которое можно обнаружить в её ядре .
Считается, что клетка использует трансформацию (преобразование) эухроматина в гетерохроматин как метод контроля экспрессии и репликации генов, поскольку эти процессы по-разному протекают в достаточно плотном хроматине. Это явление известно как " гипотеза доступности " . Одним из примеров конститутивного эухроматина, который "всегда включён", являются гены домашнего хозяйства , которые кодируют белки, необходимые для основных функций выживания и функционирования клетки .
Эпигенетический контроль
Эпигенетика подразумевает изменения в фенотипе , которые могут быть унаследованы без изменения последовательности ДНК. Это может происходить в результате многих типов взаимодействия с окружающей средой . Что касается эухроматина, посттрансляционные модификации гистонов могут изменять структуру хроматина, что приводит к изменению экспрессии генов без изменения молекул ДНК . Кроме того, было показано, что потеря гетерохроматина и увеличение эухроматина коррелируют с ускорением процесса старения, особенно при заболеваниях, похожих на прогерию (преждевременное старение) . Исследования показали наличие эпигенетических маркеров на гистонах для ряда других заболеваний .
Регуляция
Регуляция эухроматина происходит в первую очередь посттрансляционными модификациями гистонов нуклеосом, осуществляемыми многими гистон-модифицирующими ферментами. Эти модификации происходят на N-концевых хвостах гистонов, выступающих из структуры нуклеосом, и, как полагают, рекрутируют ферменты для поддержания хроматина либо в открытой форме, как эухроматин, либо в закрытой форме, как гетерохроматин . Ацетилирование гистонов, например, обычно связано со структурой эухроматина, тогда как метилирование гистонов способствует ремоделированию гетерохроматина . Ацетилирование делает группу гистонов более отрицательно заряженной, что, в свою очередь, нарушает её взаимодействие с нитью ДНК, по сути "открывая" нить, облегчая к ней доступ . Ацетилирование может происходить на нескольких лизиновых остатках N-концевого хвоста гистона и на разных гистонах одной нуклеосомы, что, как считается, ещё больше увеличивает доступность ДНК для факторов транскрипции .
Фосфорилирование гистонов — ещё один способ регуляции эухроматина . Как правило, оно происходит на N-концевых хвостах гистонов, однако некоторые участки присутствуют и в кóровых гистонах . Фосфорилирование контролируется киназами и фосфатазами , которые добавляют и удаляют фосфатные группы соответственно. Оно может происходить на остатках серина , треонина или тирозина , присутствующих в эухроматине . Поскольку фосфатные группы, добавленные к молекулам гистонов, несут отрицательный заряд, это способствует образованию более расслабленной "открытой" формы, подобно ацетилированию . Что касается функциональности, фосфорилирование гистонов участвует в экспрессии генов , репарации повреждений ДНК и ремоделировании хроматина .
Другой метод регуляции, который связан с присоединением отрицательного заряда, благоприятствующего "открытой" форме — это АДФ-рибозилирование . В данном процессе происходит присоединение одной или несколько единиц АДФ-рибозы к гистону, также этот процесс участвует в ответной реакции на повреждение ДНК .
Примечания
- International Human Genome Sequencing Consortium (October 2004). . Nature . 431 (7011): 931—945. Bibcode : . doi : . PMID . S2CID .
- ↑ Babu A, Verma RS (January 1987). Bourne GH, Jeon KW, Friedlander M (eds.). "Chromosome structure: euchromatin and heterochromatin". International Review of Cytology . Academic Press. 108 : 1—60. doi : . ISBN 978-0-12-364508-1 . PMID .
- (англ.) . Scitable Nature Education . Дата обращения: 6 октября 2021. 6 октября 2021 года.
- Chapter 4 - Induced Pluripotent Stem Cells // Neural Stem Cells and Adult Neurogenesis : [ англ. ] . — Academic Press, January 2019. — P. 67–94. — ISBN 978-0-12-811014-0 .
- ↑ mmegias.webs.uvigo.es . Дата обращения: 2 декабря 2021. 2 декабря 2021 года.
- Chapter Two - Mammalian Satellite DNA: A Speaking Dumb // Advances in Protein Chemistry and Structural Biology : [ англ. ] . — Academic Press, January 2013. — Vol. 90. — P. 31–65. — ISBN 978-0-12-410523-2 . — doi : .
- Chapter 13 - Molecular Diagnosis of Chromosomal Disorders // Diagnostic Molecular Biology : [ англ. ] . — Academic Press, January 2019. — P. 331–358. — ISBN 978-0-12-802823-0 . — doi : .
- ↑ (амер. англ.) . Biology Articles, Tutorials & Dictionary Online (7 октября 2019). Дата обращения: 2 декабря 2021. 23 января 2022 года.
- (амер. англ.) . Biology Articles, Tutorials & Dictionary Online (18 сентября 2020). Дата обращения: 2 декабря 2021. 18 октября 2021 года.
- (амер. англ.) . Biology Articles, Tutorials & Dictionary Online (7 октября 2019). Дата обращения: 2 декабря 2021. 16 января 2022 года.
- (амер. англ.) . Biology Articles, Tutorials & Dictionary Online (7 октября 2019). Дата обращения: 2 декабря 2021. 23 января 2022 года.
- (амер. англ.) . Biology Articles, Tutorials & Dictionary Online (7 октября 2019). Дата обращения: 2 декабря 2021. 20 января 2022 года.
- Verschure PJ, van Der Kraan I, Manders EM, van Driel R (October 1999). . The Journal of Cell Biology . 147 (1): 13—24. doi : . PMC . PMID .
- Muegge K (2003-04-01). . Genome Biology . 4 (4): 211. doi : . PMC . PMID .
- Eisenberg E, Levanon EY (October 2013). "Human housekeeping genes, revisited". Trends in Genetics (англ.) . 29 (10): 569—574. doi : . PMID .
- Arney KL, Fisher AG (September 2004). "Epigenetic aspects of differentiation". Journal of Cell Science . 117 (Pt 19): 4355—4363. doi : . PMID . S2CID .
- Singh NP, Madabhushi SR, Srivastava S, Senthilkumar R, Neeraja C, Khosla S, Mishra RK (May 2011). . Nucleic Acids Research . 39 (9): 3594—3606. doi : . PMC . PMID .
- Wang J, Jia ST, Jia S (May 2016). . Trends in Genetics . 32 (5): 284—294. doi : . PMC . PMID .
- Simmons D (2008). . Nature Education . 1 (1): 6. из оригинала 17 ноября 2021 . Дата обращения: 2 декабря 2021 .
- Alaskhar Alhamwe B, Khalaila R, Wolf J, von Bülow V, Harb H, Alhamdan F, et al. (2018-05-23). . Allergy, Asthma, and Clinical Immunology . 14 (1): 39. doi : . PMC . PMID .
- ↑ Bannister AJ, Kouzarides T (March 2011). . Cell Research . 21 (3): 381—395. doi : . PMC . PMID .
- ↑ Introduction to epigenetics: basic concepts and advancements in the field // Epigenetics and Reproductive Health : [ англ. ] . — Academic Press, January 2020. — Vol. 21. — P. xxv–xliv. — ISBN 978-0-12-819753-0 . — doi : .
- 2020-10-19
- 1