Маргарита была пятым ребенком
Альбрехта
, герцога Баварского-Штраубингского, графа Эно, Голландии и Зеландии и лорда Фризии, и
Маргариты Бжегской
.
В 1385 году на бургундской двойной свадьбе в Камбре она вышла замуж за
Жана, графа Невера
, сына и наследника
Филиппа Смелого
, герцога Бургундского и
Маргариты Дампьер
, графини Фландрии, Артуа и Бургундии. В то же время её брат
Вильгельм II, герцог Баварский
, женился на
Маргарите Бургундской
. Со смертью Филиппа Смелого в 1404 году и Маргариты Дампьер в 1405 году Жан унаследовал эти территории, а Маргарита стала его консортом. У них было семь дочерей, но лишь один сын —
Филипп Добрый
— который унаследовал эти территории.
Дети
У Маргариты и Жана было восемь детей:
Маргарита
, герцогиня Гиени и Монтаржи (1393 — 2 февраля 1442), с 30 августа 1404 года жена дофина Франции
Людовика
; с 10 октября 1422 года жена
Артура де Ришмона
, коннетабля Франции и будущим герцогом Бретани.