Interested Article - Пребиотическая химия на основе формамида

Пребиотическая химия на основе формамида — совокупность гипотез, предсказывающих, что формамид играл большу́ю роль в процессе происхождения жизни , предоставляя компоненты для начала как генетических, так и метаболических процессов.

Формамид ( ) — простейший природный амид , содержащий все элементы ( углерод , кислород , азот , водород ), необходимые для синтеза биомолекул . Формамид представляет из себя очень распространённое вещество во Вселенной , он был обнаружен в центре галактик , в межзвёздной среде , в звездообразующих молекулярных облаках галактической зоны обитаемости , в том числе близь формирующейся солнцеподобной звезды , и кометах .

Источники формамида на ранней Земле

Циано-формальдегидные дожди

Одним из гипотетических источников формамида могли быть циано-формальдегидные дожди, предположительно происходившие на древней Земле. В таком случае, в ходе реакций серпентинизации, происходящих, когда вода реагирует с силикатами железа, что происходит при попадании воды в трещины базальта , образуется водород : . Далее водород восстанавливает углекислый газ (содержание которого на древней Земле, до появления фотосинтеза, было очень высоким ), давая на выходе метан ( ) и муравьиную кислоту . Под действием солнечного излучения в присутствие азота происходит фотолиз метана, продуктами реакции становятся синильная кислота ( ) и её производные — цианамид ( ) и ( ). Подобные реакции происходят в атмосфере современного Титана . Синильная кислота (которая тоже может быть сырьём для синтеза РНК-нуклеотидов, аминокислот и предшественников липидов ) далее реагирует с водой, получая формамид: .

Цинковый мир

Согласно другой гипотезе, источником формамида был « Цинковый мир » ( геотермальный источник с высоким содержанием калия , фосфора , сульфида цинка и сероводорода , который скорее всего был местом происхождения жизни ). В «цинковом мире» азот, под действием ультрафиолетового излучения , на кристаллах сульфида цинка восстанавливался до аммиака : , а углекислый газ до муравьиной кислоты: . Муравьиная кислота реагирует с аммиаком при нагревании, образуя формиат аммония , который при нагревании распадается до формамида и воды. Благодаря высокой температуре кипения (218 °C при обычном давлении) он эффективно накапливается в пересыхающих лужах (геотермальных источниках).

Космическое происхождение

Также некоторые учёные предполагают, что формамид на Земле мог иметь космическое происхождение, попав на планету вместе с кометой, метеоритом или газом пылевого диска .

Стоит подчеркнуть, что данные гипотезы не являются взаимоисключающими, на древней Земле могли происходить все 3 процесса одновременно, что не противоречит гипотезам.

Формамид, как сырьё для синтеза биомолекул

Сам по себе формамид является хорошим предшественником биомолекул. Из формамида с высоким выходом получаются: азотистые основания , аминокислоты , сахара и нуклеозиды .

Все четыре РНК азотистых основания ( аденин , цитозин , гуанин и урацил ) образуются с высоким выходом из формамида ( ) на поверхности частиц оксида титана TiO 2 при ультрафиолетовом облучении; аденин , цитозин и урацил — на поверхности глины или оксидов железа при нагревании .

При протонном облучении образуются аденин , цитозин , тимин и урацил (все корме тимина — предшественники РНК нуклеотидов ), а также аминокислоты и сахара .

В обычных условиях (в воде) азотистые основания не способны соединяться с рибозой , поэтому в водной среде нуклеозиды не образуются . Однако, побочным продуктом формамидных реакций могут быть наряду с аденином, гуанином, цитозином и урацилом их формильные производные, имеющие альдегидную (CHO) группу на одном из атомов азота в кольце. В условиях реакции Бутлерова на альдегидной группе «достраивается» рибоза, в итоге образуются все 4 РНК нуклеозида ( аденозин , гуанозин, уридин и цитидин ) .

Из формамида получаются 3 стандартные α-аминокислоты: глицин , аланин и пролин (а также не встречающиеся в живых клетках аминокислоты, например: метилаланин и N-формилглицин) (синтез аминокислот, видимо, идёт по ) .

Сахара, образуемые из формамида, являются в основном пентозами ( рибоза и 2'- дезоксирибоза ) и гексозами ( глюкоза , лактоза , манноза ) .

Кроме того, синильная кислота , которая может являться как предшественником формамида, так и продуктом его распада (под действием дегидратирующих агентов ( P 2 O 5 и т. п.) формамид дегидратируется с образованием синильной кислоты : ), также является сырьём для синтеза биомолекул .

Ранее синильная кислота, как один из продуктов, образуемых в колбе Миллера , была способна лишь на образование аминокислот . Теперь же открыты более сложные реакции, например цианосульфидный протометаболизм, открытый Джоном Сазерлендом , в ходе которого образуются: РНК нуклеотиды цитозина и (при УФ облучении) урацила, 11 аминокислот ( глицин , аланин , серин , треонин , глутамин , глутаминовая кислота , аспаргин , аспарагиновая кислота , пролин , аргинин и валин ) и предшественники липидов . А также реакция, открытая Томасом Кареллом, в которой цианистый водород и формамид являются исходными веществами для синтеза огромного числа разных видов нуклеозидов (однако, при УФ облучении, остаются только 4 нуклеотида : аденин, гуанин, цитозин, урацил, то есть «строительные блоки» РНК).

Таким образом, из формамида и синильной кислоты можно получить все необходимые «ингредиенты» для запуска « мира РНК », который представляет из себя ключевой момент в происхождении жизни, запуская процесс дарвиновской эволюции .

Формамид, как среда для образования РНК молекул

Образование нуклеотидов

Фосфорилирование нуклеозидов в водной среде является крайне неэффективным процессом. При этом образование нуклеотидов необходимо для начала абиогенеза , ведь без нуклеотидов невозможно строительство РНК. Но в водно-формамидной среде фосфорлирование происходит уже с достаточной скоростью . Нужен только самый обычный фосфатный минерал гидроксилапатит Ca5(PO4)3OH, немного солей меди и нагревание до 80 °C. Медь используется для фосфорилирования нуклеозидов и в современных клетках, она входит в состав фермента пурин-нуклеозид-киназы . Таким образом, модель «формамидного мира» решает проблему синтеза нуклеотидов.

Стабилизация и полимеризация РНК

Водный раствор, как среда для появления жизни, имеет свои недостатки. В водной среде белки, РНК и ДНК неустойчивы . Эти длинные молекулы со временем распадаются на отдельные звенья — аминокислоты или нуклеотиды. Химическое соединение аминокислот в белок или нуклеотидов в РНК происходит с выделением воды. Поэтому, когда ее вокруг много, равновесие этой реакции смещено в сторону распада белка или РНК с поглощением воды ( гидролиз) . Однако, это проблема решается в водно-формамидном растворе, где, благодаря сниженному содержанию воды, реакция будет смещена не в сторону её поглощения, а в сторону выделения, благодаря чему смогут, не распадаясь, образовываться цепочки РНК .

Примечания

  1. Raffaele Saladino, Giorgia Botta, Samanta Pino, Giovanna Costanzoc, Ernesto Di Mauro. . Дата обращения: 18 июля 2019. 31 мая 2019 года.
  2. Raffaele Saladino, Claudia Crestini,Samanta Pino, Giovanna Costanzo, Ernesto Di Mauro. . ScienceDirect .
  3. Gottlieb, C. A.; Palmer, Patrick; Rickard, L. J.; Zuckerman, B. . astrophysics data system (июнь 1973). Дата обращения: 18 июля 2019. 8 марта 2022 года.
  4. A. Coutens, J. K. Jørgensen, M. H. D. van der Wiel, H. S. P. Müller, J. M. Lykke, P. Bjerkeli, T. L. Bourke, H. Calcutt, M. N. Drozdovskaya, C. Favre, E. C. Fayolle, R. T. Garrod, S. K. Jacobsen, N. F. W. Ligterink, K. I. Öberg, M. V. Persson, E. F. van Dishoeck, S. F. Wampfler. . Astronomy & Astrophysics (июнь 2016). Дата обращения: 18 июля 2019. 4 июня 2018 года.
  5. Hollis, J. M.; Lovas, F. J.; Remijan, Anthony J.; Jewell, P. R.; Ilyushin, V. V.; Kleiner, I. . zenodo (20 мая 2006). Дата обращения: 18 июля 2019. 9 ноября 2021 года.
  6. Gilles R. Adande, Neville J. Woolf, Lucy M. Ziurys. . NCBI (май 2013).
  7. . IRAM (29 января 2013). Дата обращения: 18 июля 2019. 27 сентября 2020 года.
  8. Bockelée-Morvan, D.; Lis, D. C.; Wink, J. E.; Despois, D.; Crovisier, J.; Bachiller, R.; Benford, D. J.; Biver, N.; Colom, P.; Davies, J. K.; Gérard, E.; Germain, B.; Houde, M.; Mehringer, D.; Moreno, R.; Paubert, G.; Phillips, T. G.; Rauer, H. . Astronomy and Astrophysics (январь 2000).
  9. Михаил Никитин. Происхождение жизни. От туманности до клетки.. — 2016. — ISBN 978-5-91671-584-2 .
  10. Михаил Никитин. .
  11. Kevin Zahnle, Laura Schaefer, Bruce Fegley. . NCBI (октябрь 2010). Дата обращения: 18 июля 2019. 26 июля 2019 года.
  12. Елена Наймарк. . Элементы (24 марта 2015). Дата обращения: 18 июля 2019. 1 февраля 2019 года.
  13. Александр Марков. . Элементы (18 мая 2009). Дата обращения: 18 июля 2019. 31 декабря 2019 года.
  14. . Научная Россия (19 октября 2018).
  15. Robert Service. . Science (18 октября 2018). Дата обращения: 18 июля 2019. 24 августа 2019 года.
  16. Sidney Becker, Christina Schneider, Hidenori Okamura, Antony Crisp, Tynchtyk Amatov, Milan Dejmek & Thomas Carell. . Nature (11 января 2018).
  17. Михаил Никитин. (2016).
  18. Михаил Никитин. . Дата обращения: 18 июля 2019. 11 сентября 2018 года.
  19. Дата обращения: 8 апреля 2022. 22 апреля 2021 года.
  20. S. D. Senanayake, H. Idriss. . PNAS (31 января 2006).
  21. Raffaele Saladino, Giorgia Botta, Michela Delfino, Ernesto Di Mauro. . Дата обращения: 18 июля 2019. 9 августа 2017 года.
  22. Niether, Doreen; Afanasenkau, Dzmitry; Dhont, Jan K. G. . astrophysics data system (апрель 2016).
  23. Hannah L. Barks  Ragan Buckley  Gregory A. Grieves Ernesto Di Mauro Nicholas V. Hud Prof. Thomas M. Orlando Prof. . ChemBioChem (7 июня 2010).
  24. Raffaele Saladino, Eleonora Carota, Giorgia Botta, Mikhail Kapralov, Gennady N. Timoshenko, Alexei Y. Rozanov, Eugene Krasavin, and Ernesto Di Mauroc. . NCBI (13 апреля 2015). Дата обращения: 18 июля 2019. 15 марта 2021 года.
  25. Армен Мулкиджанян, Ивар Максутов. . ПостНаука (28 ноября 2014). Дата обращения: 23 июля 2019. 23 июля 2019 года.
  26. Dr. Judit E. Šponer, Prof. Jiří Šponer, Dr. Olga Nováková, Prof. Viktor Brabec, Dr. Ondrej Šedo, Dr. Zbyněk Zdráhal, Dr. Giovanna Costanzo, Dr. Samanta Pino, Prof. Raffaele Saladino, Prof. Ernesto Di Mauro. . Chemistry a european journal (25 января 2016).
  27. Raffaele Saladino, Eleonora Carota, Giorgia Botta, Mikhail Kapralov, Gennady N. Timoshenko, Alexei Y. Rozanov, Eugene Krasavin, and Ernesto Di Mauro. . PNAS (26 мая 2015). Дата обращения: 18 июля 2019. 26 декабря 2019 года.
  28. Михаил Никитин. (2016).
  29. .
  30. Руттен М. (1971). Дата обращения: 18 июля 2019. 23 февраля 2020 года.
  31. Stanley Miller. (1953).
  32. P.Z. Myers. (2008). Дата обращения: 18 июля 2019. Архивировано из 17 октября 2008 года.
  33. Bhavesh H. Patel, Claudia Percivalle, Dougal J. Ritson, Colm D. Duffy & John D. Sutherland. . Nature (2015). Дата обращения: 18 июля 2019. 10 декабря 2019 года.
  34. Bhavesh H. Patel, Claudia Percivalle, Dougal J. Ritson, Colm D. Duffy and John D. Sutherland. [ Common origins of RNA, protein and lipid precursors in a cyanosulfidic protometabolism] . Nature (2015). Дата обращения: 18 июля 2019. 9 августа 2017 года.
  35. Михаил Никитин. (2016).
  36. Armen Y. Mulkidjanian, Michael Y. Galperin. . Chemistry & biodiversity (21 сентября 2007). Дата обращения: 23 июля 2019. 23 июля 2019 года.
  37. Александр Марков. . Элементы (2015). Дата обращения: 18 июля 2019. 27 января 2019 года.
  38. Михаил Никитин. (2016).
  39. Giovanna Costanzo , Raffaele Saladino , Claudia Crestini , Fabiana Ciciriello and Ernesto Di Mauro. . Journal of biological chemistry (3 апреля 2007). Дата обращения: 18 июля 2019. 8 декабря 2019 года.
  40. Allen M. Schoffstall. (декабрь 1976). Дата обращения: 18 июля 2019. 8 июня 2018 года.
  41. Михаил Никитин.
  42. Dr. Giovanna Costanzo Prof. Raffaele Saladino Dr. Giorgia Botta Dr. Alessandra Giorgi Dr. Anita Scipioni Dr. Samanta Pino Prof. Ernesto Di Mauro. . ChemBioChem (30 марта 2012).
Источник —

Same as Пребиотическая химия на основе формамида