• Главное управление горного оборудования — 136 чел.
• Главное управление металлургического оборудования — 95 чел.
• Главхимоборудование — 108 чел.
• Главприбор — 112 чел.
• Главспецмаш — 987 чел.
• Отдел транспортного машиностроения — 20 чел.
• Главпромстрой — 462 чел.
• Управление энергетического оборудования — 20 чел.
• Управление капитального строительства — 63 чел.
• Главное управление снабжения — 70 чел.
• Управление оборудования — 122 чел.
• Планово-экономическое управление — 51 чел.
• Техническое управление — 46 чел.
• Научно-технический совет № 1 — 34 чел.
• Научно-технический совет № 2 — 9 чел.
• Отдел спецприемки — 65 чел.
• Управление научно-технической информации — 15 чел.
• Управление главного механика и энергетика — 27 чел.
• Транспортное управление — 42 чел.
• Управление руководящих кадров — 56 чел.
• Управление рабочих кадров, труда и заработной платы — 34 чел.
• Финансовое управление — 15 чел.
• Центральная бухгалтерия — 22 чел.
• Секретариат министра — 63 чел.
• Канцелярия министерства — 40 чел.
• Второй отдел — 50 чел. (в том числе секретная часть на Спартаковской, 8).
• Хозяйственное управление — 75 чел.
• Управление рабочего снабжения — 45 чел.
• Научно-техническое управление — 70 чел.
• Первый отдел — 12 чел.
• Группа № 1 /Т/ — 3 чел.
• Инспекция при министре — 5 чел.
• Жилищный отдел — 6 чел.
• Управление военно-строительных отрядов

1. Волжское высшее военное строительное командное училище МСМ СССР — в/ч 04201, ( Дубна )

• 1-е Главное управление (горное оборудование; ГУГО);
• 2-е Главное управление (безопасность, режим и контрразведывательное обеспечение );
• 3-е Главное управление (металлургическое оборудование; ГУМО);
• 4-е Главное управление (химическое оборудование; ГУХО);
• 5-е Главное управление (опытных конструкций; ГУОК — разработка ядерного оружия; на предприятиях этого главка функционировали три военно-сборочные бригады из состава офицеров 12 ГУ МО СССР );
• 6-е Главное управление (приборостроение; ГУП — производство ядерного оружия; на предприятиях этого главка функционировали четыре военно-сборочные бригады из состава офицеров 12 ГУ МО СССР);
• 7-е Главное управление (оборудование; ГУО);
• 8-е управление (УСУП — совместные уранодобывающие предприятия соцстран);
• 9-е Главное управление (капитальное строительство; ГУКС) ;
• 10-е Главное строительное управление (1-е ГСУ; строительство объектов на Урале и Сибири);
• 11-е Главное строительное управление (2-е ГСУ; строительство в Европейской части и Прибалтике);
• 12-е Главное монтажное управление (Главмонтаж);
• 13-е Главное управление производственных предприятий (ГУПП);
• 14-е Центральное управление военно-строительных частей (ЦУВСЧ; в состав управления входили две военно-строительные бригады, сорок пять военно-строительных полков, семьдесят три военно-строительных отряда, одно военно-техническое училище и другие войсковые части и учреждения, общей численностью 221 921 чел., из них 186 881 военнослужащий и 35 040 рабочих по призыву. Кроме того, в советско-германском акционерном обществе «Висмут» в ГДР и в в Румынии Министерство среднего машиностроения содержало одну инженерно-техническую бригаду и одну техническую роту соответственно, общей численностью 11 561 военнослужащий )
• 15-е Главное Научно-техническое управление (ГНТУ);
• 16-е Главное управление (атомной энергетики; Главатомэнерго);
• 17-е Главное управление (атомное приборостроение; Главатомприбор);
• 18-е Главное управление (ускорителей и термоядерных исследований; ГУУТИ);
• Главное Финансовое управление (ГФУ);
• Управление международной и научно-технической информации (УМНТИ);
• Управление рабочих кадров, труда и заработной платы (УРКТЗ);
• Управление кадров и учебных заведений (УКиУЗ);
• Научно-технический совет (НТС; создан приказом министра и постановлением ЦК КПСС и СМ СССР 5 июля 1966 года в НТС были включены 14 секций и 6 комиссий);
• Межведомственный технический совет по АЭС (МВТС; координация деятельности АЭС )
• Плановое управление (ПланУпр);
• Транспортное управление (ТрУпр);
• Хозяйственное управление (ХоЗу);
• Бухгалтерское управление;
• Коллегия

• Радиевый институт имени В. Г. Хлопина ;
• Институт атомной энергетики им. И. В. Курчатова ;
• Институт теоретической и экспериментальной физики ;
• Объединённый институт ядерных исследований ;
• Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований ;
• Физико-энергетический институт ;
• Институт физики высоких энергий ;
• Институт реакторных материалов ;
• Сухумский физико-технический институт ;
• Всесоюзный научно-исследовательский институт по эксплуатации атомных электростанций ;
• Всесоюзный научно-исследовательский институт автоматики им. Н. Л. Духова ;
• Всесоюзный научно-исследовательский институт приборостроения ;
• Всесоюзный научно-исследовательский институт минерального сырья им. Н. М. Федоровского ;
• ;
• ;
• Всесоюзный научно-исследовательский институт неорганических материалов ;
• ;
• Всесоюзный проектный и научно-исследовательский институт комплексной энергетической технологии ;
• Всесоюзный научно-исследовательский институт радиационной техники ;
• Центральный научно-исследовательский институт химии и механики ;
• Центральный научно-исследовательский институт управления, экономики и информации ;
• ;
• Свердловский научно-исследовательский институт химического машиностроения ;
• Научно-исследовательский физико-химический институт имени Л. Я. Карпова ;
• ;
• ;
• ;
• ;
• Научно-исследовательский технологический институт им. А. П. Александрова ;
• Научно-исследовательский институт тепловыделяющих элементов ;
• Научно-исследовательский и проектный институт редкометаллической промышленности ;
• ОФ НИФХИ имени Л. Я. Карпова ;
• Научно-исследовательский и конструкторский институт энерготехники имени Н. А. Доллежаля ;
• ;
• Научно-исследовательский институт атомных реакторов ;
• Научно-исследовательский и конструкторский институт монтажной технологии ;
• ОКБМ имени И. И. Африкантова ;
• Рижский научно-исследовательский институт радиоизотопного приборостроения ;
• Ведущий проектно-изыскательский и научно-исследовательский институт промышленной технологии ;
• ;
• ;
• ;
• ОКБ «Гидропресс» ;
• Центрального конструкторского бюро машиностроения ;

—

• Арзамас-16 — ВНИИЭФ (разработка ядерных боеприпасов, серийное производство ЯО);
• Челябинск-70 — ВНИИТФ (разработка ядерных боеприпасов);
• Златоуст-36 — Приборостроительный завод МСМ СССР (серийное производство ЯО);
• Пенза-19 — Пензенский приборостроительный завод (серийное производство ЯО);
• Свердловск-45 — Комбинат «Электрохимприбор» (серийное производство ЯО);
• Арзамас-16 — Электромеханический завод «Авангард» (серийное производство ЯО);
• Свердловск — Уральский электромеханический завод (серийное производство ЯО);
• Москва — Машиностроительный завод «Молния» (серийное производство ЯО);
• Новосибирск — Производственное объединение «Север» (серийное производство ЯО);
• Нижняя Тура — (серийное производство ЯО);
• Челябинск-65 — ПО «Маяк» (производство плутония, трития, и деталей ядерных устройств);
• Томск-7 — Сибирский химический комбинат (производство плутония, высокообогащенного урана, деталей для ядерных устройств);
• Красноярск-26 — Горно-химический комбинат (производство плутония);
• Красноярск-45 — Электрохимический завод (производство высокообогащенного урана);
• Свердловск-44 — Уральский электрохимический комбинат (производство высокообогащенного урана);
• Ангарск — Ангарский электролизный химический комбинат (обогащение урана);
• Жёлтые Воды, Укр.ССР — Восточный горно-обогатительный комбинат (добыча и переработка урановой руды)
• Силламяэ, Эстонская ССР — (СХЗ), (переработка диктианемового сланца с целью получения окислов урана, переработка уранового концентрата)

—

• Краснокаменск — Приаргунское производственное горно-химическое объединение (добыча урана);
• Навои, Узб.ССР — Навоийский горно-металлургический комбинат (добыча урана, золота, рения, серебра);
• Кирово-Чепецк — Кирово-Чепецкий химический комбинат (производство по наработке гексафторида урана);
• Чкаловск, Тадж.ССР — Ленинабадский горно-химический комбинат (обогащение урана);
• Актау, Каз.ССР — (добыча урановой руды);
• Актау, Каз.ССР — Мангистауский атомно-энергетический комбинат
• Степногорск, Каз.ССР — (добыча и переработка урановой руды);
• Кара-Балта, Киргиз.ССР — (добыча и переработка урановой руды);
• Лермонтов — Рудоуправление № 10 (добыча и переработка урановой руды);
• Первомайский — (обогащение редких и других руд цветных металлов с выпуском высококачественных концентратов);
• Усть-Каменогорск, Каз.ССР — Ульбинский металлургический завод (производство ядерного топлива);
• Днепродзержинск УССР — Приднепровский химический завод ;
• Жёлтые Воды УССР — ;
• Красноярск — (производство гидроксида лития, источников щелочных металлов натрия, калия, рубидия, цезия);
• Глазов — Чепецкий механический завод (цирконий, уран, кальций, сверхпроводниковая продукция, титан);
• Ковров — Ковровский механический завод (газовые центрифуги для обогащения урана, использующегося затем в качестве ядерного топлива);
• Ульбинский металлургический завод
• Рыбинск — Волжский машиностроительный завод (трубопроводная арматура, камерное оборудование, сорбционные колонны, теплообменники, ёмкости различного назначения, технологические линии для радиохимических производств, специальное грузоподъёмное оборудование. );
• Электросталь — Машиностроительный завод «Элемаш» (производства реакторного топлива в виде металлического урана);
• Новосибирск — Новосибирский завод химконцентратов (выпуск ядерного топлива для энергетических и исследовательских реакторов);
• Волгодонск — Волгодонский завод тяжёлого машиностроения (энергетические реакторы, энергоблоки для АЭС);
• Владимир — ВПО Точмаш ;
• Подольск — Подольский машиностроительный завод (оборудование для хранения отработавшего ядерного топлива, радиовзрыватели и предохранительно-исполнительные механизмы);
• Обнинск — Приборный завод «Сигнал» (производство аппаратуры и оборудования для АЭС, изготовлении приборов и комплексов радиационной, химической разведки и дозиметрического контроля, пожарной сигнализации);
• Москва — Московский завод полиметаллов (разработке и производство органов регулирования, управления и защиты энергетических ядерных реакторов, исследовательских и промышленных реакторов, реакторных установок судов морского флота и специального назначения);
• Бишкек, КиргизССР — Приборостроительный завод «Физприборы» (производство радиоэлектронного промышленного и нестандартного контрольно-измерительного оборудования);
• Свердловск-44 — (изготовление оборудования и запасных частей для разделительного производства);
• Свердловск-44 — Опытный центрифужный завод (разработка и конструирование газовых центрифуг, технологии и оборудования разделения изотопов, газовых смесей);
• Свердловск-44 — (разработка приборов технологического контроля, аварийной защиты, АСУ, электроснабжения АЭС)
• Протвино — (производство низковольтного электротехнического оборудования для объектов атомной энергетики

• Обнинская АЭС
• Белоярская АЭС
• Нововоронежская АЭС
• Ленинградская АЭС
• Игналинская АЭС
• Сибирская АЭС

—

• Совместное предприятие «Висмут» ;
• Советско-Чехословацкая комиссия;
• Советско-Румынское горное общество « Кварцит »;
• Советско-Болгарское горное общество;
• Советско-Польская комиссия «Кузнецкие рудники»;
• Бокситовая экспедиция, впоследствии — предприятие «Боксит» , — в Венгрии;
• Советско-Китайская комиссия

—

• Ангарское управление строительства
• Арзамасское управление строительства
• Дмитровградское управление строительства
• Североуральское управление строительства
• Управления строительства «Сибакадемстрой»
• Степногорское управление строительства
• Управление строительства «Химстрой»
• Управление строительства «Сибхимстрой»
• Приднепровское управление строительства
• Северное управление строительства
• Навоийское управление строительства
• Обнинское управление строительства
• Иртышское управление строительства
• Западное управление строительства
• Северо-Уральское управление строительства
• Южно-Уральское управление строительства
• Средне-Уральское управление строительства
• Пензенское управление строительства
• Прикаспийское управление строительства
• Приаргунское управление строительства
• Чепецкое управление строительства

• Московский инженерно-физический институт
  • Саровский физико-технический институт
  • Снежинский физико-технический институт
  • Новоуральский технологический институт
  • Северский технологический институт
  • Озёрский технологический институт
  • Лесной технологический институт
  • Обнинский институт атомной энергии
• Центральный институт повышения квалификации
  • Московский филиал (центральный аппарат МСМ СССР, НИИ, КБ, проектные институты)
  • Уральский филиал (специальные технологии и промышленная энергетика)
  • Южный филиал (добыча и переработка редких радиоактивных металлов, вопросы экономики и организации управления соответствующими производствами)
  • Сибирский филиал (вопросы управления и экономики монтажно-строительных производств)
• Специальная кафедра ЦИПК МСМ СССР
• Волжское высшее военное строительное командное училище МСМ СССР